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- PDB-9yup: Crystal structure of PprA S-F-S tetramer from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yup
タイトルCrystal structure of PprA S-F-S tetramer from Deinococcus radiodurans
要素DNA repair protein PprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PprA / Deinococcus / Deinococcus radiodurans / D. radiodurans / DNA repair / Genome reassembly / self-assembly / protein filament
機能・相同性cellular response to desiccation / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / CITRATE ANION / DNA repair protein PprA
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Szabla, R. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2008R00075 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Self-assembly of PprA from D.radiodurans
著者: Szabla, R. / Junop, M.S.
履歴
登録2025年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA
C: DNA repair protein PprA
D: DNA repair protein PprA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9787
ポリマ－134,4114
非ポリマー5673
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.679, 123.221, 139.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.687, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein PprA / Pleiotropic protein promoting DNA repair


分子量: 33602.750 Da / 分子数: 4 / 変異: D180K, D184K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-8 deletion of PprA from D.radiodurans with D180K/D184K mutation and N-terminal poly-His fusion tag separated by a TEV protease site
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: pprA, DR_A0346 / プラスミド: pMJ5671 / 詳細 (発現宿主): pDEST-527-based expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32504
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. | Protein solution: 2.4 mg/mL PprA (73 ...詳細: 1.0 ul of protein solution was mixed with 1.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. | Protein solution: 2.4 mg/mL PprA (73 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 | Crystallization solution: 400 mM Lithium citrate, 20% (w/v) PEG 3350 | Well solution: 1.5 M Ammonium sulfate
Temp details: Temperature-controlled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日 / 詳細: IMCA-CAT default optics (April 2017)
放射モノクロメーター: IMCA-CAT default optics (April 2017)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.068→92.207 Å / Num. obs: 105944 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 36.58 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.068→2.409 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.775 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5298 / CC1/2: 0.588 / Rpim(I) all: 0.605 / Rrim(I) all: 1.936 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
autoPROC20250717data processing
XDSJan 19, 2025 (BUILT 20250714)データ削減
Aimless0.8.2データスケーリング
PHASER2.0_5824位相決定
PHENIX2.0_5824精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.07→41.65 Å / SU ML: 0.1821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.3904
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 4886 4.71 %
Rwork0.2107 98821 -
obs0.2119 103707 51.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→41.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8447 0 39 171 8657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00558626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.786611670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04321277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01061556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.87213115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.090.483950.485635X-RAY DIFFRACTION0.66
2.09-2.120.270560.436476X-RAY DIFFRACTION1.29
2.12-2.1400.3044123X-RAY DIFFRACTION1.88
2.14-2.170.142420.358126X-RAY DIFFRACTION1.93
2.17-2.20.2913110.3421184X-RAY DIFFRACTION3.03
2.2-2.230.3494200.3086341X-RAY DIFFRACTION5.43
2.23-2.260.2994220.366463X-RAY DIFFRACTION7.11
2.26-2.290.3528250.374475X-RAY DIFFRACTION7.59
2.29-2.330.3433360.3409745X-RAY DIFFRACTION11.7
2.33-2.370.3507560.3251068X-RAY DIFFRACTION16.59
2.37-2.410.3621580.31041218X-RAY DIFFRACTION19.33
2.41-2.450.3647740.30011605X-RAY DIFFRACTION25.19
2.45-2.50.31561040.30071960X-RAY DIFFRACTION30.44
2.5-2.550.3131360.29752360X-RAY DIFFRACTION37.52
2.55-2.610.32051470.3143134X-RAY DIFFRACTION48.61
2.61-2.660.35891340.3273132X-RAY DIFFRACTION53.73
2.67-2.730.37082440.32313734X-RAY DIFFRACTION59.41
2.73-2.810.30282320.29844689X-RAY DIFFRACTION73.74
2.81-2.890.32672380.2755205X-RAY DIFFRACTION80.36
2.89-2.980.30132380.27335758X-RAY DIFFRACTION90.34
2.98-3.090.25333160.26026401X-RAY DIFFRACTION98.55
3.09-3.210.28732670.26166352X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-3.360.23593040.23646431X-RAY DIFFRACTION99.94
3.36-3.540.24332950.21785800X-RAY DIFFRACTION90.27
3.54-3.760.26132480.1945762X-RAY DIFFRACTION89.82
3.76-4.050.22113110.17826183X-RAY DIFFRACTION96.84
4.05-4.450.17723180.15946371X-RAY DIFFRACTION99.88
4.45-5.10.18813200.15926401X-RAY DIFFRACTION99.87
5.1-6.420.19313360.18526365X-RAY DIFFRACTION99.97
6.42-41.650.20393830.16056324X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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