PDB-9yt5: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yt5

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with GMP

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with GMP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yt5.cif.gz	369.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yt5.ent.gz	303.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.039, 120.039, 365.178
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase

分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 17分子

#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE 分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 7 day soak with 10 mM GMP in 3.4M sodium malonate. plate Liu-S-192 H7 Puck: PSL-2106, Cryo: direct from soaking solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年10月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50.15 Å / Num. obs: 35643 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.184 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 1.31 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 684905
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / R_merge(I) obs: 2.318 / Num. measured all: 47512 / Num. unique obs: 2570 / CC_1/2: 0.652 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 2.384 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→50.15 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	1802	5.07 %
R_work	0.1855	-	-
obs	0.187	35539	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7075	0	121	6	7202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.617	10019
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.122	2739
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1068
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.98	0.3049	134	0.287	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.07	0.3402	146	0.2811	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.16	0.3177	134	0.2705	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.28	0.3005	124	0.2478	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.41	0.2308	130	0.2086	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.56	0.2191	141	0.1845	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.75	0.2174	141	0.1713	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.99	0.189	126	0.1592	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.3	0.1533	140	0.1452	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.73	0.1921	150	0.1368	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.41	0.1735	130	0.1527	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-6.81	0.2357	162	0.2109	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
6.81-50.15	0.2124	144	0.1998	2880	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.5417	0.4328	0.3332	0.7805	0.0763	0.5586	0.1105	0.3158	0.0557	-0.5102	-0.1884	-0.132	0.0188	-0.0793	0	0.8722	0.0435	-0.0157	0.5375	0.0483	0.6313	29.8401	-38.8044	-4.9877
2	0.0352	0.3766	0.3261	0.5055	0.3019	0.1815	0.0206	0.2753	0.3039	0.1825	-0.125	-0.36	-0.2371	-0.0006	-0.1313	0.9591	0.0315	0.0721	0.4419	0.1912	0.6538	28.8373	-22.0412	2.4559
3	0.378	-0.2139	-0.5185	0.9041	0.8807	0.5941	0.0776	-0.0487	0.3232	0.1723	-0.1558	-0.2017	-0.3465	0.1319	-0.0027	0.7528	-0.0133	-0.0037	0.4811	0.154	0.7422	33.4059	-20.5276	1.673
4	0.5109	-0.1304	0.5284	0.251	0.0771	0.6302	0.0248	0.7337	0.2723	-0.3971	0.184	0.2402	-0.2416	-0.1094	-0	1.1738	0.108	0.1246	0.9661	0.2674	0.8303	24.7663	-21.0207	-22.4709
5	-0.2297	-0.3687	-0.2288	0.0249	-0.9873	0.7302	0.1622	0.2858	0.2021	-0.2029	-0.2934	-0.0691	0.0155	0.0241	-0.0083	0.9819	0.0542	0.0464	0.5719	0.2178	0.7469	27.5314	-21.9574	-11.0966
6	0.7345	-0.0312	0.4841	0.4004	0.2753	0.4848	-0.0896	0.0206	0.2038	-0.0851	-0.1777	0.0748	-0.1761	-0.2946	0	0.6647	-0.0181	-0.1309	0.5158	0.0594	0.5964	16.5299	-31.8392	12.8228
7	1.4746	-1.1695	0.0648	3.3222	-0.3492	1.5582	-0.1926	-0.0821	-0.2794	0.0124	0.2047	0.3399	0.148	-0.0974	0	0.6645	-0.0325	0.0114	0.498	0.0956	0.5756	27.4346	-55.2742	16.1888
8	0.2255	-0.5564	0.0836	0.0181	0.2665	0.1047	0.2334	0.3126	-0.3031	-0.1108	-0.1705	0.0651	-0.0197	-0.2868	-0	0.9071	0.0929	0.1352	0.7993	0.0736	0.5938	48.9529	-67.3209	-1.7239
9	1.1601	-0.0757	-0.4201	0.5344	-0.2308	0.7002	0.0629	-0.1263	0.0067	0.0396	0.034	-0.0794	0.0547	0.1679	-0	0.7352	0.0804	0.0357	0.5356	0.0759	0.6272	50.7836	-69.954	22.4176
10	0.5616	-0.4874	-0.3328	1.2719	-0.0174	-0.2563	-0.0052	0.3373	-0.281	-0.1324	-0.0137	-0.1577	0.0154	0.1789	-0.0002	0.9065	0.0967	0.0903	0.5647	0.0179	0.7493	54.387	-83.6892	11.7572
11	0.4404	-0.3977	-0.1523	-0.0451	0.2662	0.61	-0.166	-0.7539	0.3633	0.1938	0.1323	-0.3413	-0.0766	0.2506	0	0.7284	0.0331	0.0343	0.7346	0.1919	0.8531	64.3824	-57.392	24.0503
12	1.1421	-0.9148	0.5824	1.1572	0.1144	1.5256	0.0527	0.2009	0.2997	-0.3445	-0.1258	-0.5658	0.0049	0.0799	-0	0.6249	-0.0837	0.108	0.5479	0.1706	0.9007	53.6019	-38.4306	9.4073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 193 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 335 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 336 through 458 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 160 through 302 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 303 through 334 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 335 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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