PDB-9yt3: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yt3

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with 5'-Sulfamoyladenosine

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with 5'-Sulfamoyladenosine
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yt3.cif.gz	370.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yt3.ent.gz	302.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9yt3_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yt3_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	9yt3_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	9yt3_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.070, 121.070, 364.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase

分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 52分子

#2: 化合物	ChemComp-LMS / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2-FURANYL]METHYL SULFAMATE タイプ: RNA linking / 分子量: 346.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₆O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 7 day soak with 10 mM LMS in 3.4M sodium malonate. plate Liu-S-192 G8 Puck: PSL-2103, Cryo: direct from soaking solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年10月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→50.39 Å / Num. obs: 41382 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.172 / Χ²: 1.15 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 797022
反射シェル	解像度: 2.77→2.84 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / R_merge(I) obs: 2.58 / Num. measured all: 58652 / Num. unique obs: 2964 / CC_1/2: 0.579 / R_pim(I) all: 0.593 / R_rim(I) all: 2.648 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5847: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.77→50.39 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2335	2075	5.03 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1912	41272	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→50.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7064	0	113	17	7194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	7371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	9968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.968	2684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.77-2.83	0.3884	111	0.3533	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.3747	148	0.2909	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.98	0.3235	132	0.2565	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.07	0.2766	153	0.2308	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.17	0.2728	133	0.2263	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.28	0.2879	141	0.235	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.42	0.3079	139	0.2407	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.57	0.2806	131	0.1995	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.76	0.2353	137	0.1736	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.99	0.2125	140	0.1583	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-4.3	0.209	153	0.1561	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.74	0.1742	131	0.1374	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.42	0.205	139	0.1603	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.83	0.2409	150	0.2076	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.83-50.39	0.2044	137	0.193	2910	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3879	-1.2766	2.156	4.899	-1.7077	3.717	-0.1667	0.5159	0.2883	-0.6361	-0.2593	-0.1271	0.2499	0.189	0.3214	0.8059	-0.1045	0.0653	0.6006	-0.0448	0.5935	29.5646	-45.0616	-14.0032
2	1.8211	0.391	-0.7304	2.8292	1.1312	1.8345	-0.0097	-0.0958	0.5684	-0.0046	-0.0747	-0.2826	-0.2993	-0.001	0.0812	0.5929	0.0164	-0.105	0.4922	0.0241	0.6548	30.4819	-27.4443	4.0219
3	2.4234	0.6228	0.2194	4.5884	0.0247	2.983	-0.0501	0.3822	0.5108	-0.601	0.0044	-0.441	-0.4423	-0.2619	0.0131	0.8104	-0.0156	0.0044	0.6642	0.1715	0.7227	27.6201	-15.7997	-17.9069
4	2.0862	0.7183	0.4178	2.1078	-0.6691	1.6882	-0.0415	0.0604	0.1797	-0.1913	-0.1506	-0.2292	-0.1648	0.0545	0.2314	0.6944	-0.0744	-0.0151	0.5186	0.0704	0.6356	29.536	-25.7703	-10.4404
5	2.1055	0.2034	-0.3416	1.5011	-0.7297	2.7078	-0.4416	0.0562	0.0656	-0.0213	0.0588	-0.0494	0.0835	-0.1875	0.2264	0.6634	-0.0123	-0.0793	0.46	0.0637	0.4682	19.2053	-30.8292	-1.8474
6	2.3637	-1.0703	-0.5618	3.2531	0.2404	3.8245	-0.2863	-0.1088	0.0007	0.3226	0.1879	0.3457	0.4826	-0.0586	0.1557	0.5241	-0.0225	-0.0759	0.555	0.0406	0.4684	17.4903	-37.9479	12.1648
7	2.2356	-1.1849	0.8044	3.0567	-0.4945	1.9004	-0.2465	-0.2158	-0.221	0.1431	0.1704	-0.0782	0.3173	-0.1675	0.0645	0.531	-0.0483	0.0666	0.4978	0.0133	0.4567	28.931	-57.9295	17.2453
8	1.6119	0.4291	-0.0032	1.405	-0.7871	2.7011	-0.0487	-0.0458	-0.1274	0.0207	0.1079	0.0346	0.3328	-0.0101	-0.0515	0.6113	0.1062	0.1021	0.4906	0.0093	0.5349	51.1592	-68.1607	15.7121
9	3.0156	-0.0909	-0.3779	2.9351	0.2071	1.5522	0.0363	-0.0157	-0.4201	0.0695	0.0883	-0.1641	0.1881	0.1505	-0.1312	0.7562	0.0479	0.0924	0.5099	0.0124	0.6648	53.4077	-87.0144	12.969
10	1.0455	-0.6328	0.2517	1.984	-0.4127	0.8238	-0.232	-0.0309	0.3994	0.1957	0.0597	-0.2841	-0.106	0.0267	0.1832	0.5655	-0.029	0.0273	0.5024	0.0277	0.6437	56.0974	-46.0567	12.2787

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 146 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 147 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 285 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 286 through 316 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 317 through 348 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 349 through 458 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 12 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 147 through 285 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 286 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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