PDB-9yt2: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yt2

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with ATP (long soak)

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with ATP (long soak)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yt2.cif.gz	372 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yt2.ent.gz	306 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/9yt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.456, 119.456, 365.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase

分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 1 month soak with 10 mM ATP in 3.4M sodium malonate. plate Liu-S-192 H3 Puck: PSL-2014, Cryo: direct from soaking solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年10月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 39150 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.187 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 1.18 / Net I/σ(I): 23.2 / Num. measured all: 1534834
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.9 % / R_merge(I) obs: 4.294 / Num. measured all: 118113 / Num. unique obs: 2819 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 0.668 / R_rim(I) all: 4.346 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→49.77 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	2027	5.19 %
R_work	0.1955	-	-
obs	0.1971	39025	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7070	0	151	2	7223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.644	10079
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.372	2767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1253

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.3505	139	0.3409	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.95	0.3607	138	0.2821	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.03	0.2696	112	0.2545	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.13	0.2856	164	0.2572	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.3265	140	0.2545	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.37	0.3136	156	0.2225	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.53	0.2532	156	0.2066	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.71	0.2231	145	0.1771	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.95	0.1844	138	0.1652	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.25	0.1911	132	0.1682	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.68	0.1763	152	0.1384	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.35	0.1892	151	0.1581	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.74	0.2407	153	0.2138	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
6.74-49.77	0.2182	151	0.2142	2938	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8972	-0.4161	-0.0114	2.1232	-1.1644	1.0342	0.1237	0.3283	0.1956	-0.3297	-0.1406	-0.1713	0.0216	-0.0417	-0.0007	0.9175	0.002	0.0045	0.5936	0.0969	0.755	29.9268	-29.1538	-1.1963
2	1.1067	-0.7281	0.1514	0.6254	-0.628	0.8237	0.2236	0.5027	0.0214	-0.408	-0.2041	-0.0724	0.1132	-0.1723	-0	1.1674	0.0779	0.0716	0.7615	0.2178	0.8164	26.2008	-19.4654	-15.154
3	1.5383	-1.1023	0.1081	1.3376	-0.0015	1.2192	-0.1209	-0.0704	0.0681	-0.3093	0.0973	0.3327	0.0962	-0.4394	-0.0607	0.7414	-0.0313	-0.0478	0.5064	0.077	0.6194	19.2022	-38.5919	10.5806
4	1.9468	-1.9281	-0.4016	1.6622	0.2465	0.3673	-0.2367	-0.1816	-0.4317	-0.0666	0.3252	0.3983	0.287	-0.0738	0.0004	1.0128	-0.019	-0.0162	0.5499	0.0871	0.8697	29.7856	-59.2527	15.2552
5	0.2005	-0.1692	0.2886	0.0457	-0.1744	0.3681	0.0771	0.411	-0.5289	-0.4686	-0.0796	0.0803	0.3885	0.0307	0	1.1549	0.1112	0.1356	0.8682	0.0355	0.832	48.3076	-66.9492	-1.6864
6	0.9976	-0.1416	-0.2007	0.7845	-0.4594	0.5072	0.1055	-0.2532	-0.0645	-0.0497	0.0449	0.1227	0.305	0.1914	-0	0.908	0.1057	0.0621	0.665	0.0595	0.7965	50.8582	-67.0795	23.3468
7	0.5862	-0.2361	0.0421	0.3255	0.0371	0.0116	0.1504	0.7378	-0.6466	-0.7089	-0.0915	0.0039	0.4072	0.0049	0	1.4437	0.1248	0.1378	0.7362	-0.04	1.1572	52.3852	-89.5373	8.5714
8	0.2597	-0.6401	0.0291	0.9573	0.2525	0.0233	-0.1555	0.1673	-0.4172	-0.1175	0.0983	-0.0995	0.3056	0.1913	0.0027	1.26	0.1405	0.1207	0.6597	0.0354	0.9576	52.9111	-80.9942	13.6637
9	0.2913	-0.159	-0.0778	0.0781	0.0404	0.2128	-0.4262	-0.1868	0.4067	0.5742	0.0158	-0.6645	-0.0438	0.4946	-0	1.0196	0.0868	0.0875	0.9193	0.0625	1.0039	63.4239	-57.1412	24.1349
10	0.7566	-1.084	0.8315	1.3721	-0.7491	0.5673	-0.0599	0.1557	0.3321	-0.1992	-0.0425	-0.603	-0.0329	0.18	0	0.8306	-0.023	0.128	0.7042	0.1056	1.0479	52.7461	-38.1353	9.5507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 285 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 286 through 374 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 375 through 458 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 55 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 56 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 147 through 193 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 194 through 302 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 303 through 334 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 335 through 458 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 15分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 15分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 15分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)