PDB-9ys2: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ys2

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with cysteinyl-AMP

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with cysteinyl-AMP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年11月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ys2.cif.gz	377.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ys2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ys2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ys2_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ys2_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9ys2_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	9ys2_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/9ys2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/9ys2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.044, 120.044, 365.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-719- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase

分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 270分子

#2: 化合物	ChemComp-A1CYZ / 5'-O-[(R)-{[(2R)-2-amino-3-sulfanylpropanoyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine / Cysteinyl-AMP 分子量: 450.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₆O₈PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 24 hour soak with 10 mM ATP and Cysteine in 3.4M sodium malonate. The cysteinyl-AMP intermediate formed during the soak. ...詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 24 hour soak with 10 mM ATP and Cysteine in 3.4M sodium malonate. The cysteinyl-AMP intermediate formed during the soak. plate Liu-S-192 G6 Puck: PSL-0210, Cryo: direct from soaking solution

結晶

マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.73 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 24 hour soak with 10 mM ATP and Cysteine in 3.4M sodium malonate. The cysteinyl-AMP intermediate formed during the soak. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年9月20日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→47.82 Å / Num. obs: 77956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.144 / Χ²: 1.11 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 1546532
反射シェル	解像度: 2.22→2.28 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / R_merge(I) obs: 2.365 / Num. measured all: 111657 / Num. unique obs: 5633 / CC_1/2: 0.714 / R_pim(I) all: 0.542 / R_rim(I) all: 2.427 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5847: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.22→47.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	3947	5.07 %
R_work	0.1757	-	-
obs	0.1772	77823	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7093	0	161	255	7509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	10091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.061	2746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.25	0.2264	151	0.2483	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2679	160	0.2443	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.2791	147	0.2465	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2803	152	0.2313	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.3067	125	0.236	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.2681	132	0.2272	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.2295	145	0.2069	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.48	0.2329	137	0.2027	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.53	0.2319	130	0.1978	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.2585	130	0.2046	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.2273	144	0.2129	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.68	0.259	128	0.2265	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.73	0.3054	118	0.2477	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.8	0.3113	150	0.2502	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.87	0.2815	142	0.228	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.94	0.2473	129	0.2111	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.03	0.2654	141	0.1962	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.13	0.2566	131	0.1943	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.2409	148	0.1891	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.37	0.2203	133	0.1821	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.52	0.2345	150	0.1683	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.71	0.1712	150	0.1403	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.94	0.1424	147	0.1314	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.25	0.1418	142	0.1233	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.67	0.1554	154	0.1226	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-5.35	0.1295	134	0.1326	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-6.73	0.1906	144	0.1851	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
6.74-47.82	0.2263	153	0.1985	2969	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2489	-0.2936	-0.619	2.5979	0.2336	1.6412	-0.0056	0.1555	0.166	-0.0783	-0.0625	-0.1416	-0.1544	0.0698	0.0776	0.3892	-0.0267	-0.0752	0.3525	0.0663	0.3792	30.3027	-30.9057	0.1247
2	1.5617	1.6036	0.3638	5.0108	0.8462	2.7711	0.0014	0.2957	0.1317	-0.5832	-0.02	-0.1896	-0.4004	-0.0819	0.055	0.6728	0.0334	-0.0291	0.4958	0.1814	0.4606	27.3403	-15.7131	-18.0438
3	0.9865	-0.2906	-0.2468	1.4083	-0.3172	2.1658	-0.0438	0.2081	0.1448	-0.1745	-0.0152	0.0179	-0.1354	-0.188	0.0397	0.3913	-0.0314	-0.0859	0.3348	0.0516	0.3487	22.717	-30.7238	-0.6781
4	1.894	-1.5594	0.5527	2.3017	-0.9588	0.9372	-0.2084	-0.1501	-0.3017	0.1646	0.1788	0.2254	0.1569	-0.0927	0.0228	0.4055	-0.038	0.0362	0.3426	0.0362	0.3764	29.4598	-57.5211	17.455
5	1.2064	-0.0467	-0.1335	1.2113	-0.5268	2.8903	-0.1011	0.012	-0.115	-0.0426	0.0341	-0.0267	0.255	0.1007	0.0702	0.3396	0.036	0.0619	0.3018	0.0301	0.3392	51.0311	-67.0957	15.5356
6	2.3121	0.4501	-0.9012	2.6224	-0.3395	2.9096	-0.0592	0.1128	-0.5488	-0.0737	0.056	-0.0395	0.5438	0.0838	0.0236	0.6989	0.1016	0.1378	0.3249	0.0069	0.635	54.1063	-90.4069	13.5716
7	1.2323	0.1766	0.2102	1.8796	0.2552	1.3136	-0.1326	0.0468	-0.0601	0.0217	0.0519	-0.2034	0.1621	0.2414	0.0619	0.4201	0.0473	0.0815	0.4039	0.0507	0.4054	58.293	-67.8857	15.0092
8	1.571	-1.3414	0.7069	2.6628	-0.6755	1.286	-0.1508	0.068	0.4718	0.0807	-0.0103	-0.4663	-0.3182	0.1449	0.1586	0.4179	-0.0913	-0.0232	0.4045	0.0789	0.5641	51.979	-35.9906	8.9838

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 146 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 147 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 350 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 351 through 458 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 147 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 348 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 349 through 458 )

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