PDB-9ys0: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ys0

タイトル

Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with ADP

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum in complex with ADP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ys0.cif.gz	373.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ys0.ent.gz	303.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ys0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/9ys0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/9ys0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.035, 120.035, 365.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-724- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase

分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 295分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.53M Sodium Malonate, pH 7.0. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 24 hour soak with 10 mM ADP in 3.4M sodium malonate. Liu-S-192 E1, Puck: PSL-0205, Cryo: direct from soaking solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年9月20日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 86839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 1.12 / Net I/σ(I): 23.9 / Num. measured all: 3430902
反射シェル	解像度: 2.14→2.2 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.1 % / R_merge(I) obs: 3.13 / Num. measured all: 239529 / Num. unique obs: 6279 / CC_1/2: 0.768 / R_pim(I) all: 0.511 / R_rim(I) all: 3.172 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.14→50 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	4327	4.99 %
R_work	0.1793	-	-
obs	0.1803	86684	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7089	0	149	280	7518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.793	10086
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.342	2696
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1259

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.16	0.3005	144	0.2948	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.2824	141	0.2655	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.2588	134	0.2406	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.24	0.2552	133	0.2253	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.27	0.2781	155	0.2104	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2343	133	0.1983	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.1987	150	0.1968	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.2432	141	0.1996	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.2482	140	0.2019	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.45	0.2182	165	0.2007	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.2549	153	0.2087	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.2441	135	0.2112	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2316	134	0.2334	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.64	0.2592	167	0.24	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.7	0.2707	152	0.2322	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.76	0.2501	135	0.217	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.83	0.2609	138	0.2095	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.9	0.2111	143	0.1978	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.99	0.228	145	0.196	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.09	0.248	133	0.2052	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.2	0.2085	128	0.2092	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.2008	153	0.1897	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.48	0.1965	134	0.1587	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.66	0.1721	149	0.1507	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.89	0.144	158	0.1401	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.19	0.1651	141	0.1313	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.61	0.1423	139	0.1252	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-5.28	0.1562	152	0.1389	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-6.64	0.2068	139	0.1875	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
6.65-50	0.1979	163	0.2095	3079	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.593	0.0018	-0.2802	1.0579	-0.2647	0.7763	0.0308	0.1611	0.1234	-0.1112	-0.0565	-0.0833	-0.0907	0.0236	0	0.4406	-0.0236	-0.0451	0.3449	0.0714	0.4023	30.6972	-29.3063	-1.2075
2	0.6298	-0.2399	0.2108	0.1393	-0.1833	0.2585	0.0611	0.4627	0.128	-0.3028	0.0815	-0.211	-0.1694	-0.0726	0.0413	0.7426	0.0035	0.0053	0.5411	0.1869	0.4809	25.2917	-15.715	-18.4279
3	0.8028	-0.54	0.0947	0.9865	-0.0355	0.6513	-0.0788	-0.0032	-0.0464	-0.0484	0.0629	0.0896	0.0132	-0.0807	0	0.3697	-0.0432	-0.0235	0.3357	0.0254	0.3428	25.9257	-44.1014	8.3778
4	0.6056	0.0537	-0.2915	0.7055	0.0116	0.552	-0.0447	0.0322	-0.0434	-0.0536	0.0017	-0.0566	0.1806	0.1705	0	0.4274	0.0424	0.0481	0.3746	0.0374	0.4038	50.7831	-67.1974	15.413
5	0.6252	-0.3529	0.123	0.6604	0.1381	0.1006	-0.0934	0.1248	-0.2966	-0.0585	0.0827	0.0111	0.2793	0.1107	-0	0.6025	0.0441	0.1159	0.3465	0.0117	0.5114	52.9923	-86.0408	12.7662
6	0.7632	-0.7725	0.1195	0.8672	-0.3217	0.8524	-0.1088	0.0254	0.2904	0.0346	-0.0552	-0.3637	-0.0852	0.1737	-0	0.3932	-0.062	-0.0057	0.4019	0.0546	0.5128	55.6922	-45.0857	11.8345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 240 through 458 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 12 through 146 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 147 through 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 286 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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