PDB-9yru: Crystal structure of Apo Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yru

タイトル

Crystal structure of Apo Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum (Orthrhombic P form)

要素

Cysteine--tRNA ligase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Cysteinyl-tRNA synthetase / CysRS

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / apicoplast / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Apo Cysteinyl-tRNA synthetase (CysRS) from Plasmodium falciparum (Orthrhombic P form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yru.cif.gz	345.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yru.ent.gz	282.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9yru_validation.pdf.gz	865.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yru_full_validation.pdf.gz	869.2 KB	表示
XML形式データ	9yru_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	9yru_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/9yru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/9yru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cysteine--tRNA ligase

B: Cysteine--tRNA ligase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.874, 104.024, 158.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cysteine--tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase 分子量: 54533.195 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 91-535 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_1015200.1 / プラスミド: PlfaA.00133.a.A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJP3, cysteine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: Berkeley D7: 100mM potassium phosphate dibasic, 100 mM potassium chloride, 30% PEG 3350. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 4mM ATP added to the protein prior to screening but ligand is ...詳細: Berkeley D7: 100mM potassium phosphate dibasic, 100 mM potassium chloride, 30% PEG 3350. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 4mM ATP added to the protein prior to screening but ligand is not bound likely due to high phosphate concentration in the crystallant. plate 20147 D7 drop 1 , Puck: PSL-0309, Cryo: direct

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Berkeley D7: 100mM potassium phosphate dibasic, 100 mM potassium chloride, 30% PEG 3350. PlfaA.00133.a.A3.PS38777 at 12.3 mg/mL. 4mM ATP added to the protein prior to screening but ligand is ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月26日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.06→49.77 Å / Num. obs: 20666 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.21 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 270129
反射シェル	解像度: 3.06→3.14 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 2.163 / Num. measured all: 19643 / Num. unique obs: 1464 / CC_1/2: 0.767 / R_pim(I) all: 0.611 / R_rim(I) all: 2.249 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5765: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.06→49.77 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2876	1041	5.06 %
R_work	0.2285	-	-
obs	0.2315	20574	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.06→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6521	0	2	0	6523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.791	9105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.523	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.06-3.22	0.5567	132	0.4177	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.3759	153	0.3155	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.42-3.69	0.3562	167	0.2932	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.06	0.2717	137	0.2097	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.64	0.2506	149	0.1845	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.65-5.85	0.2575	139	0.2034	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
5.85-49.77	0.2672	164	0.2215	2942	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2663	-0.2726	-0.3529	0.468	-0.0397	0.8279	0.0527	-0.0529	-0.2969	0.2817	0.0865	-0.0374	0.4632	-0.2713	-0	0.8218	-0.0731	0.0525	0.8536	-0.0246	0.9853	25.0969	33.2815	23.9541
2	0.1444	0.0199	-0.0035	-0.0145	0.0015	-0.0162	-0.5608	-0.0729	0.4726	-0.3177	0.1636	-0.3982	-0.5325	0.0129	-0	0.6954	0.0467	-0.1075	0.8846	-0.0171	0.8889	9.4469	37.1046	21.5754
3	1.6799	0.2342	0.6623	0.6251	0.2562	0.2994	-0.1089	0.0344	0.0204	-0.0254	0.1566	-0.283	-0.9601	-1.1344	0	0.9891	-0.0682	-0.0283	1.2436	-0.0311	1.0265	7.5527	41.0723	20.6599
4	0.2539	0.1934	0.2462	0.2423	0.2792	0.624	-0.3911	0.7251	-0.0788	-0.6127	0.3939	-0.0767	-0.7681	0.1397	0	1.5434	-0.2622	0.1464	1.2686	-0.073	1.0905	15.5793	32.7973	-2.4407
5	0.1336	-0.1826	-0.0954	0.286	0.1492	0.0733	0.4534	0.6272	0.3964	0.1414	-0.0676	0.0451	-0.0008	-0.1507	-0	1.3451	0.063	-0.1556	1.3734	0.075	0.8904	5.326	42.1725	7.0949
6	0.2298	-0.0224	-0.0558	0.028	0.0404	0.0585	0.0315	-0.2248	-0.2656	-0.6875	-0.1712	0.3569	0.2801	0.0114	0	1.4399	-0.1914	-0.0131	0.9717	0.0219	0.9068	20.6061	35.0153	12.3471
7	0.7635	-0.0287	0.525	0.7782	0.3929	0.8797	0.178	0.091	-0.4054	-0.6012	-0.0085	-0.3045	0.6953	0.5743	-0.0009	1.2702	-0.3218	-0.0717	0.8514	0.0486	0.9911	14.807	23.2229	27.5702
8	0.5825	-0.0477	-0.2186	0.0764	-0.0011	0.0859	0.0159	-0.7305	-0.6871	0.3406	0.0188	0.2945	0.1564	-0.4542	0	1.3389	-0.3257	-0.0084	1.2894	0.2409	1.2835	18.1324	22.7061	52.1622
9	1.0138	0.5202	0.4359	0.2834	0.2703	0.3748	0.3476	-0.4046	-0.4451	0.8026	0.1784	0.2087	0.7346	-0.3835	-0	1.2233	0.1208	-0.2465	0.9377	0.035	0.9542	30.8468	26.3612	50.9012
10	0.8658	0.7676	0.2321	1.5784	-0.7557	1.0431	0.2843	-0.4468	-0.2504	0.485	0.0978	-0.2012	0.3987	0.0903	0	1.0245	-0.0192	-0.2009	1.0313	-0.0922	0.9851	42.3966	42.5273	59.9398
11	0.3095	-0.0667	0.0554	0.6778	-0.3252	0.953	0.4198	0.006	0.3802	0.4451	-0.3345	-0.4301	-0.3526	0.1309	0.0548	0.7689	-0.1017	-0.3322	1.1457	-0.1209	1.3276	54.3622	45.1226	64.0536
12	1.0242	-0.3921	0.1297	0.7521	0.996	1.8096	-0.0604	0.0778	0.2046	-0.1853	-0.04	0.0564	-0.6447	-0.2008	-0	0.9611	0.0062	0.0049	0.8972	0.0335	1.0103	22.9483	55.1217	43.2738

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 114 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 225 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 226 through 255 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 256 through 285 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 286 through 348 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 349 through 374 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 375 through 458 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 16 through 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 160 through 316 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 317 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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