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- PDB-9yon: Crystal structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yon
タイトルCrystal structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor YNW69
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Ala-tRNA(Pro) deacylase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II ...YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / Proline-tRNA ligase, class IIa / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline--tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with inhibitor YNW69
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,04812
ポリマ－58,9861
非ポリマー1,06111
水1448
1
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,09524
ポリマ－117,9732
非ポリマー2,12222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area39140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.660, 106.660, 185.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 58986.496 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 249-746 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: proRS, PFL0670c / プラスミド: PlfaA.18681.a.B4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-A1CYM / N-[(3M)-3-(4-aminothieno[3,2-d]pyrimidin-6-yl)benzene-1-sulfonyl]-L-prolinamide


分子量: 403.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N5O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Grid Salt screen H8 : 4.0M NaCl, 0.1M Citric acid/citrate, pH 5.0. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 21.9 mg/mL. 2mM inhibitor added to the protein prior to crystallization. plate 19968 H8 drop 1, ...詳細: Grid Salt screen H8 : 4.0M NaCl, 0.1M Citric acid/citrate, pH 5.0. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 21.9 mg/mL. 2mM inhibitor added to the protein prior to crystallization. plate 19968 H8 drop 1, Puck: PSL-1107, Cryo: 2.5M Lithium sulfate. The data were somewhat anisotropic which produced residual density (Fo-Fc) thoughout the polypeptide. The anisotropically truncated data from staraniso were used for refinement. The original and anisotropic truncated data were both deposited.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→46.37 Å / Num. obs: 35030 / % possible obs: 75.3 % / 冗長度: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.434→2.654 Å / % possible obs: 16.8 % / 冗長度: 20.3 % / Rmerge(I) obs: 2.254 / Num. measured all: 35561 / Num. unique obs: 1751 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 2.311 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0_5723: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→46.23 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2332 1646 4.71 %
Rwork0.2013 --
obs0.2028 34979 75.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 57 8 4017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5445582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4381487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.43-2.510.925120.4868257X-RAY DIFFRACTION7
2.51-2.590.4794280.4485600X-RAY DIFFRACTION16
2.59-2.680.4458490.37151196X-RAY DIFFRACTION33
2.68-2.790.3851970.33291934X-RAY DIFFRACTION53
2.79-2.910.35711700.32373264X-RAY DIFFRACTION90
2.91-3.070.36711490.32793686X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.29222120.28763647X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.510.25771900.21673663X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.860.24872190.20843659X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.420.1811800.15873726X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.570.18341690.15553766X-RAY DIFFRACTION100
5.57-46.230.20291710.17583935X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08280.0580.10051.32950.03452.213-0.19020.2913-0.32940.30950.12230.17780.2846-0.04480.09680.44420.1150.14440.2861-0.04460.4257-25.0461-45.86418.0548
21.3266-0.42110.03821.4444-0.45861.2174-0.03880.01080.05670.36550.0787-0.0704-0.23780.1016-0.04560.69170.18460.08560.3948-0.02150.3798-21.6942-33.61621.2405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 248 through 403 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 404 through 746 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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