PDB-9yit: Crystal structure of glutamate dehydrogenase from Babesia microti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yit

タイトル

Crystal structure of glutamate dehydrogenase from Babesia microti in complex with NADP

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / glutamate dehydrogenase / Babesia microti

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Babesia microti strain RI (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of glutamate dehydrogenase from Babesia microti in complex with NADP
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yit.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yit.ent.gz	872.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9yit_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yit_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9yit_validation.xml.gz	108.3 KB	表示
CIF形式データ	9yit_validation.cif.gz	136.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/9yit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/9yit	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

325 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.667, 125.313, 123.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 53301.367 Da / 分子数: 6 / 断片: 2-467 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Babesia microti strain RI (真核生物) 遺伝子: BMR1_03g03380 / プラスミド: BamiA.17991.a.A21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K3AUK4
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% 3350, 0.1M Bis-Tris 6.5, 0.2M MgCl2. BamiA.17991.a.A21.PW39288 at 16.7 mg/mL. 2mM NADP added to the protein prior to crystallization. plate 19938 F4 drop1, Puck: PSL-0509, Cryo: 12.5% ...詳細: 25% 3350, 0.1M Bis-Tris 6.5, 0.2M MgCl2. BamiA.17991.a.A21.PW39288 at 16.7 mg/mL. 2mM NADP added to the protein prior to crystallization. plate 19938 F4 drop1, Puck: PSL-0509, Cryo: 12.5% P200 + 87.5% crystallant.

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.19 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% 3350, 0.1M Bis-Tris 6.5, 0.2M MgCl2. BamiA.17991.a.A21.PW39288 at 16.7 mg/mL. 2mM NADP added to the protein prior to crystallization. plate 19938 F4 drop1, Puck: PSL-0509, Cryo: 12.5% ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月25日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→48.86 Å / Num. obs: 144200 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.191 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 994280
反射シェル	解像度: 2.28→2.34 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.332 / Num. measured all: 72665 / Num. unique obs: 10631 / CC_1/2: 0.493 / R_pim(I) all: 0.548 / R_rim(I) all: 1.442 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5438: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→48.02 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	7171	4.97 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1919	144167	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→48.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21277	0	366	253	21896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	22098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	29880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.244	8352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	3258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.28-2.31	0.3141	207	0.2769	4587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.33	0.3082	240	0.265	4539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.36	0.3158	192	0.2558	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.2703	240	0.2518	4535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.42	0.2846	245	0.2484	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.2662	265	0.2318	4557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.49	0.305	231	0.2409	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.2854	256	0.2314	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.2576	229	0.2353	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.2851	240	0.2305	4545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.65	0.282	227	0.222	4569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.7	0.2643	242	0.2155	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.76	0.2727	258	0.2122	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.81	0.2629	251	0.2047	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.87	0.2498	259	0.2124	4480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.94	0.2808	235	0.2222	4598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.01	0.2528	242	0.2258	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.09	0.2643	248	0.2145	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.19	0.2628	224	0.2184	4573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.29	0.2346	233	0.2019	4582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.41	0.2263	232	0.2055	4586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.54	0.2195	232	0.1968	4556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.7	0.196	194	0.1818	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.9	0.226	244	0.1694	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.14	0.1828	259	0.1538	4524	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.46	0.17	237	0.145	4593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.91	0.1599	237	0.1416	4587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.62	0.1804	264	0.1592	4572	X-RAY DIFFRACTION	100
5.62-7.08	0.2224	245	0.1799	4630	X-RAY DIFFRACTION	100
7.08-48.02	0.1762	263	0.1605	4662	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.476	-0.2767	0.0622	0.1102	-0.0301	0.1446	0.1239	-0.022	-0.1377	-0.2581	-0.0763	-0.0427	0.2316	-0.0103	0	0.4406	0.0186	0.0071	0.3781	-0.0186	0.4695	44.077	-36.5589	-24.3977
2	0.1852	-0.1546	-0.1905	0.6324	-0.3066	0.6489	-0.0175	0.0632	-0.1486	-0.0927	0.0214	0.0154	0.1355	0.0529	-0	0.3844	-0.0056	-0.012	0.3486	-0.0466	0.297	40.8578	-21.9202	-36.5482
3	-0.0059	-0.137	-0.0655	0.2929	0.2001	0.109	0.0911	0.0893	-0.2391	-0.005	-0.0211	-0.0624	0.2537	0.049	0.0006	0.436	-0.0223	0.0434	0.4138	-0.0416	0.3078	45.2454	-17.7348	-39.874
4	0.2817	0.3436	-0.106	0.341	0.182	0.3662	0.0596	-0.0398	0.0434	-0.0591	-0.0203	-0.067	-0.1504	0.1298	0	0.4209	-0.0359	0.0198	0.3713	-0.0074	0.3374	37.8484	-4.5319	-43.1997
5	0.066	-0.4628	-0.1362	1.0443	0.0548	0.8078	0.138	0.1551	0.2174	-0.3391	-0.1724	-0.347	-0.027	0.2996	-0.0252	0.4125	0.039	0.1102	0.5066	0.0378	0.3581	67.2849	-11.1681	-46.8407
6	0.5278	0.2305	-0.4639	0.4205	-0.1525	0.2453	-0.131	0.0826	-0.2092	-0.1828	0.0228	0.0906	0.5563	-0.0368	0	0.6154	0.1037	0.1271	0.5788	-0.002	0.4477	70.7956	-25.6071	-50.1618
7	0.2275	-0.2731	-0.1207	0.1919	-0.0165	0.3292	-0.0604	0.0061	-0.1095	-0.0702	-0.0008	0.1036	0.141	0.1122	-0	0.3867	0.0353	0.0654	0.3196	0.0002	0.3416	60.1987	-15.0709	-35.2642
8	0.1673	-0.166	0.0485	0.214	0.138	0.4827	-0.0568	-0.0988	0.0951	0.0121	-0.0882	-0.6611	-0.0967	0.11	-0	0.4154	-0.0117	0.0627	0.4585	-0.0037	0.4475	64.633	-13.6991	-28.027
9	0.1409	-0.1116	0.1789	0.0555	-0.1303	0.1989	-0.0356	-0.0468	-0.153	0.0737	-0.0084	-0.0395	0.1722	0.0077	0	0.3348	0.0154	0.0619	0.356	0.0132	0.3545	54.4021	-24.8323	-23.1231
10	0.438	-0.052	0.3363	0.4132	0.0989	0.2952	-0.0029	-0.0605	0.3421	0.3519	-0.0234	0.3526	-0.079	-0.1381	0	0.442	0.0068	0.0511	0.356	-0.0468	0.4219	34.8616	20.4898	8.7432
11	0.4585	0.3201	0.0771	1.3496	0.2861	0.5648	-0.0244	0.0133	-0.0211	0.0872	0.0537	-0.0093	-0.028	0.0193	-0	0.241	0.0311	0.0139	0.2505	0.015	0.2544	37.7088	-2.5254	-2.4793
12	0.0919	0.2164	0.009	0.0892	0.0275	0.5174	-0.1046	0.1315	-0.1517	-0.0959	0.1406	-0.1628	-0.0575	0.1474	-0	0.347	0.0036	0.0072	0.349	-0.0235	0.3922	56.8544	-2.4642	-7.9313
13	0.8592	-0.0448	-0.1544	0.9524	-0.3992	1.2583	0.0244	-0.0259	-0.1843	0.0675	0.0097	-0.1205	0.1268	0.1424	0	0.3141	0.0239	-0.0281	0.3209	0.0257	0.3556	66.8625	-7.1687	10.7119
14	-0.0787	0.0668	0.2566	0.0284	-0.2722	0.7109	-0.0518	0.0438	0.0267	-0.0388	0.0108	0.0017	-0.0193	0.0892	-0	0.3145	0.015	-0.0007	0.3328	-0.0151	0.3389	54.8252	9.4023	-2.4715
15	0.6349	0.4988	-0.2501	0.5124	-0.284	0.0933	0.1616	0.2198	-0.1698	-0.4009	-0.0648	0.3871	-0.2243	-0.0483	-0.0108	0.6201	-0.0065	-0.0113	0.5857	0.0441	0.3165	37.6853	20.2982	-58.087
16	0.6883	-0.2073	-0.6756	0.707	0.0608	0.8405	0.0145	0.0597	0.0614	-0.1388	0.002	0.0703	-0.1504	0.0186	0	0.3659	-0.0354	-0.0136	0.3313	0.0239	0.3265	35.4701	22.3687	-32.6522
17	0.1803	-0.1139	0.0289	0.7138	-0.1317	0.4512	0.0355	-0.0016	0.1126	0.1197	-0.02	-0.15	-0.1067	0.1757	0	0.3779	-0.0328	0.0377	0.3995	0.0154	0.383	59.4008	29.6168	-28.7797
18	0.5019	0.2643	-0.1577	1.0982	0.6768	0.4827	-0.1093	-0.0046	0.1919	-0.3001	0.0058	-0.0957	-0.3126	0.0308	0	0.5194	-0.0478	0.0384	0.3881	0.0183	0.4599	59.2727	43.5391	-30.9476
19	0.4983	-0.061	0.2992	0.1422	0.0503	0.1614	-0.2171	0.2146	-0.1481	-0.1464	0.1253	-0.3024	0.0148	-0.0457	-0.0001	0.3858	-0.046	0.0461	0.3468	0.0098	0.3092	54.6018	23.3689	-35.1353
20	0.1265	-0.0681	0.0064	0.2507	0.0444	0.1268	-0.2604	0.0938	-0.3776	0.0196	-0.1163	-0.1834	0.0077	0.3152	-0.0014	0.4043	-0.0134	0.072	0.4251	-0.0229	0.3884	61.1241	17.7302	-36.7518
21	0.2212	0.035	0.1262	0.1248	-0.1227	0.1276	-0.133	0.4447	-0.2467	-0.7036	0.1401	-0.2879	0.1153	0.1418	-0.0007	0.3993	-0.0623	0.0654	0.426	0.0217	0.2815	50.0996	16.314	-49.8531
22	0.6433	-0.1683	-0.5132	0.4361	-0.2473	0.3941	-0.0168	0.093	0.0605	-0.1326	0.0731	0.1866	-0.0455	-0.0389	0.0009	0.361	0.0017	-0.0742	0.3852	0.0399	0.3669	11.4666	17.2159	-38.3721
23	0.6567	0.365	-0.0914	2.152	-0.5807	0.7517	-0.1064	0.1588	0.3378	-0.6286	0.3262	0.7285	-0.004	-0.1998	0.9192	0.4751	-0.016	-0.2745	0.4717	0.2073	0.5988	-9.7978	18.0271	-43.9484
24	0.142	-0.0243	0.0607	0.5191	0.4221	0.3474	0.1587	0.5601	0.025	-0.6006	-0.1423	0.0243	-0.0767	0.5152	-0	0.5836	-0.0297	-0.0874	0.6816	-0.042	0.3514	19.912	-21.4526	-58.4149
25	0.2494	-0.1139	0.1219	0.0598	0.1065	0.2731	-0.0151	0.2736	-0.0573	-0.1772	-0.021	0.0217	0.0261	0.2201	0	0.3912	0.0056	-0.0612	0.411	-0.0428	0.3329	19.1188	-22.5945	-46.6796
26	0.2372	-0.2075	0.1437	0.5768	-0.1437	0.5576	0.0189	0.0337	-0.1341	-0.1657	0.055	0.0883	0.1296	-0.0535	0	0.3303	-0.0238	-0.018	0.3484	0.0069	0.3898	20.0975	-22.8508	-27.3929
27	0.0321	-0.1667	-0.239	0.7414	0.3305	0.9308	-0.049	-0.0743	-0.068	0.0942	-0.0043	0.2833	0.1435	-0.2814	0	0.3276	-0.0655	-0.089	0.4303	0.0229	0.5102	-5.3036	-33.2975	-27.7257
28	0.3508	0.1358	0.0167	0.3171	0.1394	0.555	-0.2076	0.1734	-0.0602	-0.6609	0.0918	0.3149	0.4346	-0.3326	-0.0098	0.6539	-0.1453	-0.1666	0.558	-0.0655	0.6489	-4.2775	-44.3543	-38.0457
29	0.402	0.011	-0.2453	0.1374	-0.0778	0.2459	-0.2443	0.2321	-0.0447	-0.6051	0.2919	0.1023	-0.1608	0.2705	-0	0.509	-0.0513	-0.0969	0.4419	-0.0181	0.4039	0.9491	-23.9091	-36.4129
30	0.2383	-0.191	-0.0936	0.2084	0.2662	0.3069	0.0214	0.1744	-0.087	-0.1239	0.0751	0.241	-0.0784	-0.1334	-0	0.4785	-0.0086	-0.1034	0.5361	-0.0093	0.5276	0.9032	-17.6744	-45.2401
31	0.6169	0.2782	-0.0584	1.7469	-0.2144	0.2627	0.0283	-0.0649	0.0232	0.1622	-0.0151	0.1902	-0.0415	0.0126	-0	0.2913	0.0345	0.0367	0.3227	-0.0041	0.3446	15.7056	-1.3619	-1.2871
32	0.161	0.1994	-0.416	0.4635	0.3479	0.576	-0.2863	0.204	0.0579	-0.1455	0.141	0.0957	0.1868	-0.1894	0	0.313	-0.0196	-0.0467	0.3622	0.0119	0.4862	-3.2578	2.752	-9.8397
33	0.9452	-0.8601	-0.6395	0.7454	0.3865	1.9347	-0.103	-0.0485	0.1079	0.0832	0.0213	0.1175	-0.0238	0.0518	-0	0.3132	0.0016	-0	0.3495	-0.0445	0.4527	-13.5018	7.6577	8.6382
34	0.2797	-0.2609	0.0759	0.716	0.1281	0.0893	-0.1281	-0.0716	0.0098	0.082	0.0736	0.1476	0.0953	0.1208	0	0.2874	0.0296	0.0036	0.3412	0.0611	0.4593	-2.8802	-3.3022	-3.6006
35	0.3418	-0.4682	-0.1697	0.5636	-0.2895	0.9457	-0.0599	0.2094	-0.2342	-0.0734	0.0343	0.211	0.1436	-0.1259	-0	0.3316	-0.0353	0.0039	0.3674	-0.0074	0.4989	-0.9855	-13.6986	-4.5696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 153 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 154 through 201 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 202 through 314 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 315 through 371 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 372 through 413 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 414 through 439 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 440 through 467 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 38 through 201 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 202 through 240 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 241 through 371 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 372 through 467 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 37 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 38 through 201 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 202 through 285 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 286 through 371 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 372 through 413 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 414 through 438 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 439 through 467 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 240 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 241 through 467 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 2 through 37 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 38 through 82 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 83 through 201 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 202 through 314 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 315 through 371 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 372 through 413 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 414 through 467 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 2 through 201 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 202 through 240 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 241 through 371 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 372 through 413 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 414 through 467 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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