PDB-9yi5: Macrophage Migration Inhibitory Factor 2 from Heligmosomoides pol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yi5

タイトル

Macrophage Migration Inhibitory Factor 2 from Heligmosomoides polygyrus

要素

hpMIF2

キーワード

CYTOKINE / MIF / parasite / helminth / orthologue

生物種

Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.396 Å

データ登録者

Orkwis, J.A. / Lolis, E.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Helminth proteins recapitulate key structural motifs of MIF to facilitate immunomodulation of host receptors
著者: Orkwis, J.A. / Lolis, E.J.

履歴

登録	2025年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yi5.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yi5.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yi5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/9yi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/9yi5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9yiuC 9yy9C 9yyaC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hpMIF2

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hpMIF2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Similar obligate trimeric formation to human orthologue
36.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.631, 67.631, 46.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-254- HOH
2	1	A-271- HOH

#1: タンパク質	hpMIF2 分子量: 12178.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Helminth 由来: (組換発現) Heligmosomoides polygyrus (無脊椎動物) 遺伝子: FMJQ01000000 / プラスミド: pRSET_A / 詳細 (発現宿主): GeneArt / Cell (発現宿主): e.coli 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.76 % / 解説: Long, spindle-like
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M Na2 Succ (Precipitant) / Temp details: Ambient

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.919716 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月31日
放射	モノクロメーター: Si(111) Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.919716 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.396→29.302 Å / Num. obs: 24398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I): 15.514
反射シェル	解像度: 1.396→1.42 Å / 冗長度: 15.11 % / R_merge(I) obs: 1.761 / Mean I/σ(I) obs: 1.417 / Num. unique obs: 1231 / CC_1/2: 0.3479 / R_pim(I) all: 0.467 / R_rim(I) all: 1.822 / Χ²: 0.65 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless	0.7.9	データスケーリング
XDS	BUILT 20241002	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	frontend 1.0 ; backend 4.3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.396→29.302 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 2.362 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176	1199	4.918 %
R_work	0.149	23183	-
all	0.151	-	-
obs	-	24382	99.984 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.052 Å²	-0.026 Å²	0 Å²
2-	-	-0.052 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.396→29.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	858	0	0	72	930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.66	1.641	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.567	1.577	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.206	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.971	10	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.067	10	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	463
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.069	1.22	457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.067	1.22	457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.929	2.198	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.925	2.197	571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.396	1.488	423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.39	1.487	424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.891	2.604	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.884	2.603	623
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.953	16.44	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.691	15.959	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.127	3	1727

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.396-1.433	0.337	100	0.304	1708	0.306	1808	0.919	0.927	100	0.307
1.433-1.472	0.274	79	0.267	1661	0.267	1740	0.94	0.945	100	0.264
1.472-1.514	0.236	84	0.209	1596	0.21	1680	0.96	0.968	100	0.198
1.514-1.561	0.255	95	0.19	1545	0.194	1640	0.954	0.974	100	0.174
1.561-1.612	0.204	80	0.165	1545	0.167	1625	0.967	0.98	100	0.146
1.612-1.668	0.225	85	0.151	1441	0.156	1526	0.969	0.984	100	0.13
1.668-1.731	0.169	67	0.145	1432	0.146	1499	0.983	0.986	100	0.123
1.731-1.801	0.142	83	0.131	1348	0.132	1431	0.988	0.989	100	0.111
1.801-1.881	0.14	62	0.119	1341	0.12	1403	0.987	0.991	100	0.101
1.881-1.973	0.15	85	0.117	1222	0.119	1307	0.984	0.991	100	0.102
1.973-2.079	0.166	48	0.11	1201	0.112	1250	0.984	0.993	99.92	0.098
2.079-2.204	0.187	42	0.12	1146	0.122	1188	0.984	0.991	100	0.11
2.204-2.355	0.116	38	0.124	1094	0.124	1132	0.99	0.991	100	0.118
2.355-2.543	0.205	41	0.129	1001	0.132	1042	0.978	0.99	100	0.127
2.543-2.783	0.168	39	0.143	917	0.144	956	0.986	0.988	100	0.146
2.783-3.108	0.151	37	0.149	850	0.149	887	0.987	0.986	100	0.159
3.108-3.583	0.151	51	0.159	729	0.158	780	0.984	0.985	100	0.178
3.583-4.371	0.189	40	0.13	616	0.133	656	0.979	0.989	100	0.156
4.371-6.114	0.151	36	0.16	488	0.159	524	0.985	0.988	100	0.201
6.114-29.302	0.167	7	0.193	302	0.193	309	0.979	0.977	100	0.263

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.9618 Å / Origin y: -11.7702 Å / Origin z: 0.4437 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0226 Å²	0.0304 Å²	0.0207 Å²	-	0.0586 Å²	0.0394 Å²	-	-	0.0342 Å²
L	1.122 °²	0.52 °²	0.2769 °²	-	1.655 °²	0.5939 °²	-	-	0.7271 °²
S	0.0202 Å °	-0.0408 Å °	0.0538 Å °	-0.0374 Å °	0.0481 Å °	0.1199 Å °	-0.1126 Å °	-0.1531 Å °	-0.0684 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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