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- PDB-9yi3: Crystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yi3
タイトルCrystal structure of PprA S-F filament from Deinococcus radiodurans
要素DNA repair protein PprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PprA / Deinococcus / Deinococcus radiodurans / D. radiodurans / DNA repair / Genome reassembly / self-assembly / protein filament
機能・相同性cellular response to desiccation / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / DNA repair / DNA repair protein PprA
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Szabla, R. / Junop, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)2008R00075 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Self-assembly of PprA from D.radiodurans
著者: Szabla, R. / Junop, M.S.
履歴
登録2025年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8382
ポリマ－59,8382
非ポリマー00
水2,342130
1
A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA

A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA

A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA

A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA

A: DNA repair protein PprA
B: DNA repair protein PprA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,18810
ポリマ－299,18810
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.425, 147.348, 44.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein PprA / Pleiotropic protein promoting DNA repair


分子量: 29918.809 Da / 分子数: 2 / 変異: D180K, D184K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-8 deletion of PprA from D.radiodurans with D180K/D184K mutation, Selenomethionine variant
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: R1 / 遺伝子: pprA, DR_A0346 / プラスミド: pMJ5671 / 詳細 (発現宿主): pDEST-527-based expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32504
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 ul of protein solution was mixed with 2.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. | Protein solution: 2.98 mg/mL PprA (100 ...詳細: 1.0 ul of protein solution was mixed with 2.0 uL of crystallization solution and hung upside-down in a sealed chamber containing 1mL of well solution. | Protein solution: 2.98 mg/mL PprA (100 uM), 150mM KCl, 20mM Tris, pH 7.5 | Crystallization solution: 800 mM LiCl, 32% (w/v) PEG 4000, 100 mM HEPES, pH 8.0 | Well solution: 0.8 M Ammonium sulfate
PH範囲: 7.5-8.0 / Temp details: Temperature-controlled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen cryo-stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 / 詳細: IMCA-CAT default optics (December 2016)
放射モノクロメーター: IMCA-CAT default optics (July 2018)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→76.448 Å / Num. obs: 28051 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.583 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.597 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.82→2.383 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 3.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5610 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.864 / Rrim(I) all: 3.842 / % possible all: 81.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JDirectorデータ収集
autoPROC20250717data processing
XDSJan 19, 2025 (BUILT 20250714)データ削減
Aimless0.8.2データスケーリング
pointless1.13.6データスケーリング
PHASER2.0_5824位相決定
PHENIX2.0_5824精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→44.47 Å / SU ML: 0.2339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9541
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 1407 5.02 %
Rwork0.2617 26626 -
obs0.2624 28033 52.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→44.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 0 130 4318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00824258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08335760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0485634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0115768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.61538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.890.579270.312163X-RAY DIFFRACTION3.23
1.89-1.960.3577280.3336435X-RAY DIFFRACTION8.79
1.96-2.050.2855400.3119772X-RAY DIFFRACTION15.38
2.05-2.160.3316640.3291133X-RAY DIFFRACTION22.7
2.16-2.290.3184860.31391666X-RAY DIFFRACTION32.94
2.29-2.470.31731340.30442478X-RAY DIFFRACTION48.92
2.47-2.720.34622300.29454322X-RAY DIFFRACTION85.66
2.72-3.110.30522760.28015096X-RAY DIFFRACTION99.98
3.11-3.920.2322750.23685161X-RAY DIFFRACTION100
3.92-44.470.24492670.2355400X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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