PDB-9yfk: Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yfk

タイトル

Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (twinned lattice)

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (twinned lattice)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Seibold, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yfk.cif.gz	229.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yfk.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9yfk_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yfk_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9yfk_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	9yfk_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/9yfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/9yfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

B: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.397, 71.027, 93.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 30991.625 Da / 分子数: 2 / 断片: 26-302 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌) 遺伝子: BP3403 / プラスミド: BopeA.00118.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7VTV0, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER 分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Berkeley B1: 30% PEG 3350, 400 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 8.5. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP, 2mM D-glucose-1-phosphate and 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. ...詳細: Berkeley B1: 30% PEG 3350, 400 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 8.5. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP, 2mM D-glucose-1-phosphate and 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. The product URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE (UPG) was bound. plate 19925 B1 drop 3, Puck: PSL-0713, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.83 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Berkeley B1: 30% PEG 3350, 400 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 8.5. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP, 2mM D-glucose-1-phosphate and 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月7日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→46.74 Å / Num. obs: 69602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 470183
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.091 / Num. measured all: 35898 / Num. unique obs: 5172 / CC_1/2: 0.553 / R_pim(I) all: 0.444 / R_rim(I) all: 1.18 / Χ²: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5819: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→46.74 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.26 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	3370	4.84 %
R_work	0.1679	-	-
obs	0.1777	69600	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4230	0	74	283	4587

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957	6066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.693	1738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	722
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.71	0.2817	186	0.288	3345	X-RAY DIFFRACTION	95
1.71-1.74	0.2622	121	0.2942	3369	X-RAY DIFFRACTION	96
1.74-1.77	0.2651	175	0.2781	3227	X-RAY DIFFRACTION	95
1.77-1.81	0.236	169	0.2821	3314	X-RAY DIFFRACTION	95
1.81-1.85	0.285	156	0.2706	3280	X-RAY DIFFRACTION	95
1.85-1.89	0.2794	165	0.2622	3315	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-1.94	0.2851	179	0.2577	3269	X-RAY DIFFRACTION	94
1.94-1.99	0.2656	217	0.2365	3262	X-RAY DIFFRACTION	94
1.99-2.05	0.2829	179	0.2356	3276	X-RAY DIFFRACTION	95
2.05-2.12	0.2516	148	0.2362	3306	X-RAY DIFFRACTION	95
2.12-2.19	0.2453	156	0.234	3318	X-RAY DIFFRACTION	95
2.19-2.28	0.2389	153	0.223	3358	X-RAY DIFFRACTION	95
2.28-2.38	0.2482	145	0.212	3261	X-RAY DIFFRACTION	95
2.38-2.51	0.2164	204	0.2118	3311	X-RAY DIFFRACTION	94
2.51-2.67	0.2329	169	0.2066	3339	X-RAY DIFFRACTION	95
2.67-2.87	0.1928	151	0.1964	3307	X-RAY DIFFRACTION	95
2.87-3.16	0.251	173	0.1819	3298	X-RAY DIFFRACTION	95
3.16-3.62	0.1952	165	0.1525	3334	X-RAY DIFFRACTION	95
3.62-4.56	0.1769	169	0.1111	3322	X-RAY DIFFRACTION	95
4.56-46.74	0.1544	180	0.1148	3429	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8766	-0.0111	0.2657	0.6465	0.1691	0.9021	-0.0316	0.0227	0.1419	0.0483	0.0162	-0.0019	-0.1099	0.0577	0.0255	0.2039	0.0135	0.0129	0.2418	0.0049	0.2229	15.0705	7.6704	8.7324
2	0.4671	-0.2452	0.103	0.9049	-0.2076	0.6101	-0.0058	0.018	0.0816	0.0369	0.0176	-0.1325	0.0471	0.136	-0.0058	0.2074	0.0265	0.0015	0.3043	-0.014	0.2347	30.554	-7.7112	15.0042
3	1.0643	-0.273	-0.2961	0.8741	0.2535	0.3956	-0.0669	-0.1889	0.0143	0.1892	0.0323	-0.0447	0.0407	0.1483	0.0571	0.2298	0.0066	-0.013	0.2654	-0.0001	0.1932	19.4189	3.8428	25.6009
4	2.4261	0.693	0.0718	1.0517	-0.1034	0.5807	0.1088	0.0057	0.3449	0.2035	-0.0127	0.1298	-0.0357	-0.1363	-0.0961	0.2302	0.0149	0.0416	0.2427	-0.0258	0.2181	-8.5276	11.0078	15.05
5	0.6273	0.0338	0.2977	0.5617	-0.0695	0.8197	0.0468	-0.0288	-0.0346	0.0171	-0.0049	0.0722	0.1109	-0.0311	-0.0284	0.2046	-0.0064	0.031	0.2487	-0.0156	0.2137	-11.3511	2.267	15.3671
6	0.4387	-0.0797	0.2271	0.554	0.2281	0.7988	0.0145	-0.0128	0.0707	0.0357	-0.0781	0.136	-0.0787	-0.1318	0.0694	0.2346	0.0059	0.0689	0.2813	-0.0352	0.2533	-21.1668	20.104	26.8465
7	1.1333	-0.431	0.025	0.6519	0.0011	0.3361	-0.0681	-0.167	0.0248	0.1495	0.0081	-0.0022	0.0894	-0.0425	0.0555	0.2463	0.0052	0.0437	0.2786	-0.0063	0.2094	-1.3874	5.2892	31.9903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 165 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 302 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 25 through 49 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 50 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 177 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 271 through 302 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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