PDB-9yfb: Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yfb

タイトル

Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with UTP

要素

UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UTP:glucose-1-phosphate uridylyltransferase activity / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase from Bordetella pertussis in complex with UTP
著者: Seibold, S. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yfb.cif.gz	126.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yfb.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9yfb_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yfb_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9yfb_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	9yfb_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/9yfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/9yfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

A: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric
63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.672, 73.672, 118.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP-glucose pyrophosphorylase 分子量: 30991.625 Da / 分子数: 1 / 断片: 26-302 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌) 遺伝子: BP3403 / プラスミド: BopeA.00118.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q7VTV0, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Berkeley B9: 100mM Bis-Tris/HCL pH 6.5, 200mM Magnesium chloride, 25% PEG 3550. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP + 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. plate ...詳細: Berkeley B9: 100mM Bis-Tris/HCL pH 6.5, 200mM Magnesium chloride, 25% PEG 3550. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP + 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. plate 19925 B9 drop 1, Puck: PSL-0706, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.55 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Berkeley B9: 100mM Bis-Tris/HCL pH 6.5, 200mM Magnesium chloride, 25% PEG 3550. BopeA.00118.a.B2.PW39372 at 25.3 mg/mL. 2mM UTP + 2mM MgCl2 added to protein prior to crystallization. plate ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月7日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→47.68 Å / Num. obs: 30047 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 1.09 / Net I/σ(I): 32.8 / Num. measured all: 776827
反射シェル	解像度: 1.82→1.86 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / R_merge(I) obs: 2.175 / Num. measured all: 47984 / Num. unique obs: 1754 / CC_1/2: 0.771 / R_pim(I) all: 0.421 / R_rim(I) all: 2.216 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5819: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→47.68 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	1449	4.83 %
R_work	0.1987	-	-
obs	0.2003	29993	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2065	0	31	110	2206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.123	2938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.261	806
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	379

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.89	0.305	130	0.3055	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.3094	167	0.2529	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.2528	146	0.232	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.16	0.2326	151	0.2297	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.29	0.2653	119	0.2202	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.47	0.2569	157	0.2137	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.268	163	0.2271	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.11	0.2439	128	0.2203	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.92	0.2196	131	0.1906	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-47.68	0.2114	157	0.1733	3080	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5347	-4.8741	0.9628	9.6842	-1.2033	1.194	-0.0406	0.1732	0.2998	-0.0783	-0.0107	-0.4154	-0.0096	0.1853	0.0896	0.3198	-0.0901	0.0131	0.3674	-0.0015	0.3008	12.5059	-4.3854	-12.7238
2	3.1774	-1.3822	0.3169	1.1534	-0.117	1.5768	-0.0331	0.2271	-0.2544	-0.0902	-0.0214	0.0907	0.3402	-0.2595	0.0555	0.3819	-0.1002	0.0558	0.4041	-0.0831	0.3596	7.9842	-11.3397	-15.4301
3	7.2194	0.2117	1.0777	3.8517	-0.9564	5.1151	-0.3684	-0.4579	0.0815	-0.1466	0.223	-0.0744	0.147	-0.6887	0.1173	0.2686	-0.0363	-0.0118	0.4716	-0.0642	0.2692	-2.9463	-9.2694	-6.2453
4	4.5061	-1.6055	2.0072	1.9289	0.0456	3.4864	-0.3965	0.065	-1.5546	-0.1215	0.2273	0.8472	0.4204	-0.6643	0.0613	0.5791	-0.2582	0.0064	0.4706	-0.0885	0.5702	-5.9319	-18.7953	-12.2272
5	4.5379	0.8003	-3.2807	3.0444	-1.0464	4.3641	0.193	0.1234	0.5466	0.3013	0.1539	0.2315	-0.1413	0.0766	-0.2978	0.3651	-0.0287	-0.0247	0.4536	-0.0132	0.341	18.2199	-7.1214	-4.2533
6	3.5179	-0.3404	-0.7836	2.8185	-0.1765	3.0564	-0.0826	0.0755	-0.3561	-0.2948	-0.0935	-0.0643	0.3863	-0.0306	0.1576	0.3606	-0.0145	0.058	0.2882	-0.0558	0.3871	19.2472	-16.7821	-19.8127
7	3.333	2.5242	-0.9622	3.5528	-2.6084	3.7487	-0.232	0.2911	-0.0025	-0.3209	-0.0302	-0.1209	0.1256	0.0616	0.2534	0.3142	0.0556	0.0324	0.4188	-0.0758	0.3577	28.4587	-6.8899	-26.9998
8	7.045	0.3753	-3.0713	1.7822	-2.1102	4.2984	-0.0021	-1.0117	0.1298	0.2805	-0.0075	-0.4512	-1.38	1.7465	-0.0971	0.4344	-0.1325	-0.0033	0.8529	0.0058	0.424	32.269	-7.2649	-10.651
9	8.712	-2.1871	1.2704	3.1841	-0.7265	1.8838	-0.1113	0.5196	0.5022	-0.2265	-0.0018	-0.3567	0.192	0.129	0.1158	0.3552	-0.0176	0.0846	0.4132	-0.0201	0.3906	21.2328	-10.8161	-25.6611
10	8.8542	1.9722	0.9535	8.7151	2.1838	5.998	0.2276	0.5685	-0.6625	-0.0633	0.1161	-0.3185	0.9384	-0.2257	-0.3116	0.3634	-0.061	0.0026	0.3923	0.0012	0.2218	1.1971	-4.6299	-31.5226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 80 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 103 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 145 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 176 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 177 through 234 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 235 through 264 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 265 through 281 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 282 through 302 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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