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- PDB-9yd4: RNA primer non-enzymatic extension product with DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yd4
タイトルRNA primer non-enzymatic extension product with DNA substrate
要素DNA/RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*G)-D(P*G)-3')
キーワードRNA / Nonenzymatic RNA primer extension / Product / RNA duplex / Origin of Life
機能・相同性: / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.658 Å
データ登録者Fang, Z. / Szostak, J.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2104708 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonenzymatic RNA copying with deoxypurine
著者: Fang, Z. / Szostak, J.W.
履歴
登録2025年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*G)-D(P*G)-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*G)-D(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,51911
ポリマ－9,5242
非ポリマー9959
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area5880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.254, 48.254, 82.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

21A-248-

HOH

31B-250-

HOH

41B-257-

HOH

51B-258-

HOH

-
要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*(LCC)P*(LCC)P*(LCC)P*(LCG)P*AP*CP*UP*UP*AP*AP*GP*UP*CP*G)-D(P*G)-3')


分子量: 4762.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-A1CWA / (2-azanylimidazol-1-yl)-[[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid / 5'-O-[(R)-(2-amino-1H-imidazol-1-yl)(hydroxy)phosphoryl]-2'-deoxyguanosine


タイプ: DNA linking / 分子量: 412.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N8O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M HEPES pH 7.0, 0.2 M Ammonium acetate, 0.15 M Magnesium acetate, 10% w/v Polyethylene glycol 6,000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033175 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.658→50 Å / Num. obs: 13714 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.658→1.69 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 646 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.311 / Χ2: 0.964 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.658→37.282 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 2.444 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 559 4.826 %
Rwork0.2568 11024 -
all0.258 --
obs-11583 84.105 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.391 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.003 Å20.001 Å20 Å2
2--0.003 Å2-0 Å2
3----0.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.658→37.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 642 63 122 827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.016784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0270.023354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5752.231200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7142.357832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.055516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.950.220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1280.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2510.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.2360.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.280
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1410.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.150.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2450.221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7912.223784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.792.228785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3514.061200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.354.0651201
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.36625.5211133
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.25425.3681089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.658-1.7010.359300.2393890.2469970.8830.96742.02610.2
1.701-1.7470.373280.224290.2299740.9380.97246.91990.187
1.747-1.7980.242430.2834570.2799360.9630.95253.41880.256
1.798-1.8530.312240.2555410.2589270.9380.95560.94930.219
1.853-1.9130.265260.2696150.2698990.950.95171.30140.266
1.913-1.980.379430.2987950.3028470.880.93998.93740.29
1.98-2.0550.266350.2787970.2778320.9610.9491000.258
2.055-2.1390.323460.2417560.2448020.9370.9651000.228
2.139-2.2330.297430.2557310.2587740.9410.9581000.252
2.233-2.3420.242280.2467150.2467430.9570.961000.261
2.342-2.4680.331380.2266720.2327120.9290.96799.71910.25
2.468-2.6170.201210.2236470.2236730.9790.96999.25710.262
2.617-2.7970.214270.2316140.236430.9610.96899.6890.296
2.797-3.020.241220.2455710.2455960.970.96599.49660.311
3.02-3.3060.297290.2665120.2685480.9710.9498.72260.428
3.306-3.6920.274140.2354890.2365050.970.96599.6040.34
3.692-4.2560.286170.2424370.2434540.9320.951000.314
4.256-5.1960.292180.2323650.2353880.9780.96398.71130.441
5.196-7.2780.234150.292990.2873140.9810.9531000.397
7.278-37.2820.59120.6131920.6122040.8350.8681000.697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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