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万見
- PDB-9ycp: HSV Helicase-primase complex bound to IM-250 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ycp
タイトルHSV Helicase-primase complex bound to IM-250
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • UL5
  • UL52
  • UL8
キーワードVIRAL PROTEIN / HSV / helicase-primase complex / replication
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA replication helicase, Herpesvirus / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Helicase-primase helicase subunit / Helicase-primase primase subunit / DNA helicase/primase complex-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yu, Z. / Abarham, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for herpes simplex virus replication fork assembly and drug targeting
著者: Yu, Z. / Abraham, J.
履歴
登録2025年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月31日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
C: UL52
A: UL5
B: UL8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,6716
ポリマ－295,1684
非ポリマー5032
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA鎖 , 1種, 1分子 D

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 , 3種, 3分子 CAB

#2: タンパク質 UL52


分子量: 114558.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL52 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5J6DWG4
#3: タンパク質 UL5


分子量: 98823.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5J6DVR7
#4: タンパク質 UL8 / HEPA / Primase-associated factor


分子量: 80005.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10192

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-A1CHB / N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide


分子量: 437.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21F2N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HSV Helicase-primase complex with IM-250 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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