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万見
- PDB-9ybm: 2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ybm
タイトル2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードTRANSFERASE / Crimean-Congo hemorrhagic fever virus / L protein / RNA-dependent RNA polymerase / PA-like / PB1-like / PB2-like / viral replication / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / cysteine-type deubiquitinase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus ...RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Liu, B. / Wang, D. / Yang, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2026
タイトル: Structure of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus RNA polymerase.
著者: Dong Wang / Ge Yang / Bin Liu /
要旨: Crimean-Congo haemorrhagic fever virus (CCHFV) is a highly pathogenic member of the Nairoviridae and causes severe disease with high fatality rates. Currently, there are no approved antivirals for ...Crimean-Congo haemorrhagic fever virus (CCHFV) is a highly pathogenic member of the Nairoviridae and causes severe disease with high fatality rates. Currently, there are no approved antivirals for CCHFV, but resolving the structure of its RNA-dependent RNA polymerase, termed L protein, could help drug development. Here we report cryogenic electron microscopy structures of the CCHFV L protein in both apo and RNA-bound states at 2.62 Å and 2.53 Å, respectively. These structures define the molecular architecture of the PA-, PB1- and PB2-like domains within the polymerase core, elucidate the mechanism of promoter recognition and reveal RNA-induced conformational changes that stabilize catalytic elements. Together, these insights provide a structural framework for understanding nairovirus replication and enable structure-based development of polymerase inhibitors.
履歴
登録2025年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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改定 1.22026年4月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,6583
ポリマ－448,5281
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 448527.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q6TQR6, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 63 K
撮影平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 50.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8574
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21_5207モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4409446
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 485017 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 59.61 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化最高解像度: 2.62 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00412332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7616623
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1711635
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491917
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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