PDB-9yb6: Human Mitochondrial Aspartate Aminotransferase complex with PLP a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yb6

タイトル

Human Mitochondrial Aspartate Aminotransferase complex with PLP at 1.5 Angstrom.

要素

Aspartate aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Human Mitochondrial Aspartate Aminotransferase / GOT2 / Glutamate Oxaloacetate Transaminase 2 / Mitochondria / AATM_human

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-4-hydroxy-L-proline catabolic process / Malate-aspartate shuttle / L-glutamate catabolic process to aspartate / aspartate biosynthetic process / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Krinkel, B.A. / Yosaatmadja, Y. / Squire, C.J. / Loomes, K.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human mitochondrial GOT2 crystal structure and...
著者: Krinkel, B.A. / Yosaatmadja, Y. / Squire, C.J. / Loomes, K.M.

履歴

登録	2025年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yb6.cif.gz	203.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yb6.ent.gz	150.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9yb6_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yb6_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	9yb6_validation.xml.gz	47.3 KB	表示
CIF形式データ	9yb6_validation.cif.gz	67.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/9yb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/9yb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase, mitochondrial

B: Aspartate aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

96.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.180, 59.168, 67.167
Angle α, β, γ (deg.)	101.393, 101.722, 95.408
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase, mitochondrial / mAspAT / Fatty acid-binding protein / FABP-1 / Glutamate oxaloacetate transaminase 2 / Kynurenine ...mAspAT / Fatty acid-binding protein / FABP-1 / Glutamate oxaloacetate transaminase 2 / Kynurenine aminotransferase 4 / Kynurenine aminotransferase IV / Kynurenine--oxoglutarate transaminase 4 / Kynurenine--oxoglutarate transaminase IV / Plasma membrane-associated fatty acid-binding protein / FABPpm / Transaminase A 分子量: 47886.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOT2, KYAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00505, aspartate transaminase, kynurenine-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Ammonium Sulfate, 0.05 M Sodium Acetate, 23% PEG-3350, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→48.515 Å / Num. obs: 129693 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 23783 / CC_1/2: 0.361

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→48.515 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	6315	4.869 %
R_work	0.1855	123378	-
all	0.187	-	-
obs	-	129693	96.755 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.119 Å²	-0.545 Å²	-0.696 Å²
2-	-	0.833 Å²	-0.047 Å²
3-	-	-	-0.229 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.515 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6324	0	41	994	7359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	6664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	6264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.896	1.815	9041
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.358	1.761	14435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.287	5	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.164	5	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.569	10	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.992	10	294
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.077	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.061	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.476	1.848	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.476	1.848	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.863	3.321	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.863	3.321	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.528	1.942	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.528	1.931	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.929	3.544	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.929	3.523	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.791	20.174	8231
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.326	18.348	7873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.353	435	0.33	8967	0.331	9938	0.907	0.914	94.6066	0.334
1.539-1.581	0.313	457	0.308	8717	0.309	9653	0.924	0.928	95.0378	0.311
1.581-1.627	0.321	442	0.294	8504	0.295	9397	0.923	0.937	95.2006	0.294
1.627-1.677	0.287	446	0.281	8315	0.282	9165	0.94	0.944	95.5919	0.279
1.677-1.732	0.285	442	0.267	8004	0.268	8822	0.945	0.951	95.7379	0.263
1.732-1.792	0.246	390	0.246	7831	0.246	8550	0.963	0.96	96.152	0.236
1.792-1.86	0.24	388	0.219	7535	0.22	8224	0.962	0.969	96.34	0.207
1.86-1.936	0.248	363	0.211	7308	0.212	7927	0.943	0.972	96.7705	0.199
1.936-2.022	0.21	379	0.191	7024	0.192	7632	0.974	0.977	96.9995	0.18
2.022-2.12	0.201	324	0.176	6782	0.177	7309	0.975	0.981	97.2226	0.166
2.12-2.235	0.186	324	0.173	6384	0.174	6886	0.977	0.982	97.415	0.165
2.235-2.37	0.208	330	0.174	6095	0.176	6576	0.973	0.978	97.7038	0.168
2.37-2.533	0.202	292	0.167	5730	0.169	6149	0.977	0.983	97.9346	0.163
2.533-2.736	0.179	224	0.165	5375	0.166	5700	0.982	0.983	98.2281	0.163
2.736-2.996	0.192	264	0.164	4957	0.165	5301	0.977	0.984	98.4909	0.165
2.996-3.348	0.182	213	0.162	4505	0.163	4774	0.981	0.985	98.827	0.166
3.348-3.863	0.188	198	0.149	3939	0.151	4181	0.978	0.987	98.9476	0.159
3.863-4.723	0.179	165	0.144	3362	0.146	3554	0.981	0.988	99.2403	0.159
4.723-6.648	0.189	158	0.177	2602	0.178	2773	0.983	0.986	99.5312	0.192
6.648-48.515	0.15	81	0.152	1442	0.152	1529	0.988	0.989	99.6076	0.165

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関連情報:EMDBヘッダ

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