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Yorodumi- PDB-9y9y: Crystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Myc... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9y9y | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyclic di-AMP and bromide | |||||||||
Components | DNA integrity scanning protein DisA | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / DisA | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationdiadenylate cyclase / diadenylate cyclase activity / adenylate cyclase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.03 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal structure of DNA integrity scanning protein DisA from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyclic di-AMP and bromide Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9y9y.cif.gz | 1010.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9y9y.ent.gz | 848.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9y9y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9y9y_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9y9y_full_validation.pdf.gz | 4.7 MB | Display | |
| Data in XML | 9y9y_validation.xml.gz | 97.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 9y9y_validation.cif.gz | 122 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/9y9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/9y9y | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 39426.461 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: T5-S356 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Gene: disA, dacA, Rv3586 / Plasmid: MytuD.17706.a.B2 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-2BA / ( #3: Chemical | ChemComp-BR / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.53 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. MytuD.17706.a.B2.PW39404 at 13.1 mg/mL. Screened as ...Details: Morpheus B12: 12.5%(v/v) MPD, 12.5%(v/v) PEG 1000, 12.5%(w/v) PEG 3350, 100 mM Tris/BICINE, pH 8.5, 30 mM NaF, 30 mM NaBr and 30 mM NaI. MytuD.17706.a.B2.PW39404 at 13.1 mg/mL. Screened as apo protein but cyclic di-AMP was bound to 4 sites likely acquired from the expression host. Larged ion modeled as a bromide was near each ligand. plate 19967 C12 drop 3, Puck: PSL-1611, Cryo: direct |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2025 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.03→49.1 Å / Num. obs: 64401 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 442624 |
| Reflection shell | Resolution: 3.03→3.11 Å / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.572 / Num. measured all: 32945 / Num. unique obs: 4740 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 1.699 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.03→48.83 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.17 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.03→48.83 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi



Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj






