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- PDB-9y8h: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burkhold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y8h
タイトルCrystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burkholderia xenovorans in complex with phosphono carbamate
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / PHOSPHATE ION / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Paraburkholderia xenovorans LB400 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Burkholderia xenovorans in complex with phosphono carbamate
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2025年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7687
ポリマ－38,2111
非ポリマー5566
水19811
1
A: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,21284
ポリマ－458,53512
非ポリマー6,67672
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area56770 Å2
ΔGint-435 kcal/mol
Surface area124960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.498, 131.498, 131.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

PO4

21A-402-

PO4

31A-403-

PO4

41A-403-

PO4

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要素

#1: タンパク質 Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 38211.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paraburkholderia xenovorans LB400 (バクテリア)
遺伝子: argF, Bxe_C0747 / プラスミド: BuxeA.00088.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13H08, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER


分子量: 141.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Index G6 : 1.4 M Sodium phosphate monobasic / Potassium phosphate dibasic pH 6.9. BuxeA.00088.a.B2.PW39423 at 24.5 mg/mL. plate 20257 B6 drop 3 , Puck: PSL-0315, Cryo: 4.0 M Sodium phosphate ...詳細: Index G6 : 1.4 M Sodium phosphate monobasic / Potassium phosphate dibasic pH 6.9. BuxeA.00088.a.B2.PW39423 at 24.5 mg/mL. plate 20257 B6 drop 3 , Puck: PSL-0315, Cryo: 4.0 M Sodium phosphate monobasic / Potassium phosphate dibasic pH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年8月9日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→46.49 Å / Num. obs: 10905 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 217846
反射 シェル解像度: 2.67→2.74 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 2.19 / Num. measured all: 16451 / Num. unique obs: 801 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 0.493 / Rrim(I) all: 2.245 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(2.0_5806: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→46.49 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 531 4.87 %
Rwork0.1935 --
obs0.1965 10903 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2585 0 29 11 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5183617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.219972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.940.34831290.28292557X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.360.34271130.22772585X-RAY DIFFRACTION100
3.37-4.240.2441340.1942587X-RAY DIFFRACTION100
4.24-46.490.21581550.16382643X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.3258 Å / Origin y: 0.4391 Å / Origin z: -32.5172 Å
111213212223313233
T0.3328 Å2-0.0022 Å2-0.0571 Å2-0.3357 Å2-0.0011 Å2--0.3119 Å2
L1.1458 °20.2058 °20.2155 °2-1.0208 °20.3161 °2--1.1075 °2
S-0.1632 Å °0.2384 Å °-0.0099 Å °-0.2354 Å °0.0489 Å °0.2131 Å °-0.0972 Å °-0.1208 Å °0.0951 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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