PDB-9y76: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9y76

タイトル

Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120

要素

DDB1- and CUL4-associated factor 1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / WD-repeat / WDR / DCAF1 / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

cell competition in a multicellular organism / histone H2AT120 kinase activity / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Mamai, A. / Al-awar, R. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120
著者: kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Mamai, A. / Al-awar, R. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2025年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9y76.cif.gz	271.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9y76.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9y76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9y76_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9y76_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9y76_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	9y76_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/9y76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/9y76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DDB1- and CUL4-associated factor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.954, 88.410, 73.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein 分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1CSX / (4P,5M)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazol-4-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide 分子量: 617.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₂₈Cl₂F₂N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN LIGAND 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M magnesium formate / PH範囲: _exptl_crystal_grow.temp

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18061 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.18061 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 86595 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.807 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 446261

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.56-1.59	3.7	0.585	3618	0.566	0.85	0.329	0.675	0.85	82
1.59-1.62	4.1	0.543	3899	0.833	0.953	0.287	0.617	0.785	88.9
1.62-1.65	4.5	0.51	4159	0.852	0.959	0.258	0.574	0.809	94.9
1.65-1.68	4.7	0.463	4332	0.905	0.975	0.229	0.518	0.771	98.2
1.68-1.72	4.8	0.385	4376	0.938	0.984	0.192	0.432	0.774	99.5
1.72-1.76	5.3	0.343	4392	0.958	0.989	0.163	0.381	0.773	99.9
1.76-1.8	5.3	0.269	4401	0.971	0.993	0.128	0.299	0.766	99.9
1.8-1.85	5.2	0.237	4357	0.977	0.994	0.114	0.263	0.779	99.9
1.85-1.9	5.5	0.201	4404	0.984	0.996	0.094	0.222	0.817	99.9
1.9-1.97	5.3	0.138	4423	0.99	0.997	0.065	0.153	0.802	99.8
1.97-2.04	5.2	0.11	4387	0.993	0.998	0.053	0.122	0.815	99.9
2.04-2.12	5.4	0.087	4408	0.996	0.999	0.041	0.096	0.81	99.9
2.12-2.21	5.2	0.076	4408	0.997	0.999	0.036	0.084	0.865	99.9
2.21-2.33	5.5	0.06	4412	0.998	0.999	0.028	0.066	0.818	99.9
2.33-2.48	5.3	0.05	4403	0.998	1	0.024	0.055	0.779	99.9
2.48-2.67	5.6	0.043	4417	0.998	1	0.02	0.047	0.768	99.9
2.67-2.94	5.4	0.037	4415	0.999	1	0.017	0.041	0.779	99.9
2.94-3.36	5.6	0.032	4441	0.999	1	0.015	0.036	0.758	99.9
3.36-4.23	5.4	0.029	4432	0.999	1	0.014	0.032	0.768	99.9
4.23-50	5.5	0.028	4511	0.999	1	0.013	0.031	1.051	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.56→38.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 6.412 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20798	4204	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16659	-	-	-
obs	0.16863	82353	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.49 Å²	0 Å²	-1.69 Å²
2-	-	4.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.56→38.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4639	0	85	423	5147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.363	1.781	6731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.488	1.757	10086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.007	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.991	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.226	10	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6036
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.783	2.72	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.782	2.721	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.937	4.891	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.938	4.892	3058
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.804	2.911	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.802	2.911	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.008	5.257	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.253	29.72	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	16.541	28.84	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.484	3	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.56→1.6 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	252	-
R_work	0.262	5130	-
obs	-	-	83.09 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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