PDB-9y4u: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9y4u

タイトル

Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (Orthorhombic I form)

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / GAPDH

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) from Neisseria gonorrhoeae in complex with NAD (Orthorhombic I form)
著者: Lovell, S. / Cooper, A. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2025年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9y4u.cif.gz	257.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9y4u.ent.gz	207.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9y4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9y4u_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9y4u_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9y4u_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	9y4u_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/9y4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/9y4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.189, 123.985, 130.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 36829.789 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-357 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (淋菌) 遺伝子: NGK_2321 / プラスミド: NegoA.00617.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B4RPP8, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Berkeley D4: 25% (w/v) PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.5. 2mM NAD addied prior to crystallization, plate 20205 well D4 drop 3 , Puck: PSL2003, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年8月9日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.19 Å / Num. obs: 56062 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 744592
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 1.743 / Num. measured all: 47577 / Num. unique obs: 3590 / CC_1/2: 0.748 / R_pim(I) all: 0.495 / R_rim(I) all: 1.813 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(2.0_5778: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.19 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	2808	5.01 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1769	56044	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4699	0	88	267	5054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	6688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.838	1853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	853

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.4247	133	0.4481	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.4099	120	0.3677	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.01	0.3757	137	0.3189	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2993	143	0.2585	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.262	147	0.2192	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2492	163	0.1942	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2294	142	0.1748	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.2116	158	0.1721	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.32	0.2486	133	0.1825	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.39	0.2595	128	0.1928	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.2624	122	0.2071	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.58	0.2521	152	0.2028	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.7	0.2139	153	0.1855	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.84	0.2052	154	0.1721	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.02	0.2376	151	0.1825	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.25	0.2402	134	0.1891	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.58	0.2101	128	0.167	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.09	0.1817	154	0.155	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-5.15	0.1551	118	0.1207	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
5.16-48.19	0.1905	138	0.1694	2845	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1198	-0.4476	-1.0623	4.6422	0.6523	4.0548	-0.1516	-0.2644	-0.253	0.8603	0.1685	-0.217	0.6185	0.1078	0.0342	0.4478	0.0371	-0.0813	0.2637	-0.0083	0.3937	31.8708	-8.1231	42.6689
2	0.5847	-0.6439	-0.4765	3.623	1.0038	1.5407	0.0165	0.0583	-0.0047	0.1149	-0.0402	0.0154	0.1255	-0.0155	0.046	0.2453	-0.0057	-0.0547	0.3055	0.0146	0.2839	18.5425	11.3983	40.052
3	0.7719	-0.0128	0.5123	4.0063	1.0871	2.3688	-0.0016	-0.0568	0.0919	0.3511	-0.1376	0.3515	0.0589	-0.3112	0.137	0.2697	-0.0339	0.0155	0.3568	-0.014	0.3307	13.5888	13.9573	47.6242
4	4.5418	-0.3978	-1.7761	3.0379	0.5907	3.5437	-0.0747	-0.3143	-0.1369	0.2641	0.0724	-0.1067	-0.0366	0.2649	0.0105	0.3689	0.0287	0.0133	0.3264	0.0234	0.2716	35.9565	41.1935	81.3388
5	1.0492	0.1288	1.0038	1.4837	0.7925	3.9545	-0.0378	-0.1591	0.0585	0.0096	-0.0954	0.2535	-0.3039	-0.3967	0.1459	0.3126	0.0811	0.0322	0.3554	-0.0116	0.3385	19.2129	45.4649	71.8748
6	1.4014	1.2987	-0.9007	4.2121	-0.2473	3.3184	0.1798	-0.1767	-0.1952	0.3039	-0.2157	0.0334	0.2985	-0.1219	-0.0492	0.2821	-0.0057	-0.0384	0.3144	-0.0339	0.2729	19.1442	26.9408	58.4503
7	0.8418	0.331	0.3938	1.8673	1.0287	2.393	0.0164	0.0287	-0.0143	-0.0482	-0.0616	0.1156	-0.1224	-0.1361	0.0427	0.323	0.0588	0.0034	0.3106	0.008	0.2909	23.479	36.9261	54.4034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 207 through 333 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 84 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 85 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 167 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 207 through 334 )

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