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- PDB-9y1o: The structure of the Plasmodium falciparum 20S proteasome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y1o
タイトルThe structure of the Plasmodium falciparum 20S proteasome
要素
  • (Proteasome subunit ...) x 13
  • Proteasome endopeptidase complex
キーワードHYDROLASE / Proteasome / 20S proteasome / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases ...ER-Phagosome pathway / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type ...Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-1, putative / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhao, J. / Fajtova, P. / O'Donoghue, A.J.
資金援助 米国, European Union, チェコ, 12件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH2210520 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI158612 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146387 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI133393 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI171824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147487 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD026926 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA030199 米国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission846688European Union
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2023042 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.01.01/00/23_015/0008175European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Incorrectly assembled half-Pf20S
著者: Zhang, H. / Zhao, J. / Fajtova, P. / O'Donoghue, A.J.
履歴
登録2025年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-6
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-3
D: Proteasome subunit alpha type-4
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-1
G: Proteasome subunit alpha type-3
H: Proteasome endopeptidase complex
I: Proteasome subunit beta-2
J: Proteasome subunit beta-3
K: Proteasome subunit beta-4
L: Proteasome subunit beta-5
N: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
P: Proteasome subunit alpha type-2
Q: Proteasome subunit alpha type-3
R: Proteasome subunit alpha type-4
S: Proteasome subunit alpha type-5
V: Proteasome endopeptidase complex
W: Proteasome subunit beta-2
Z: Proteasome subunit beta-5
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta
O: Proteasome subunit alpha type-6
U: Proteasome subunit alpha type-3
T: Proteasome subunit alpha type-1
X: Proteasome subunit beta-3
Y: Proteasome subunit beta-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)770,71628
ポリマ－770,71628
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Proteasome subunit ... , 13種, 26分子 AOBPCQDRESFTGUIWJXKYLZNbMa

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6


分子量: 29531.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_0807500
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IAR3, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2


分子量: 26556.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_0608500
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C6KST3
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 27977.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1353800
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IDG3
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4


分子量: 27263.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1353900
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IDG2
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5


分子量: 28417.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFDG_00127
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0L7LVZ5
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1


分子量: 28871.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1474800
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IK90
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 29324.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_0317000
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O77396, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta-2


分子量: 25104.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1328100
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8I6T3
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta-3


分子量: 24533.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_0108000
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8I261
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta-4


分子量: 22889.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1470900
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IKC9
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta-5


分子量: 23620.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1011400
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IJT1
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 34822.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFDG_00103
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0L7LW03
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 27301.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: CK202_3362, CYL21_3125
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2I0BU46

-
タンパク質 , 1種, 2分子 HV

#8: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 29143.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
遺伝子: PFDG_02566
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0L7M1M6

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: proteasome alpha ring assembly intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
Cell: Expi293F / 細胞内の位置: cytoplasm
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HCL1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDTT1
41 mMEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166209 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 98.93 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002549042
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.501866498
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04117646
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00348458
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.93766814

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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