PDB-9y1l: Crystal Structure of Putative Restriction Endonuclease Domain-Con...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9y1l

タイトル

Crystal Structure of Putative Restriction Endonuclease Domain-Containing Protein from Leptospirillum ferriphilum YSK

要素

Putative restriction endonuclease domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Restriction endonuclease / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Putative restriction endonuclease / Nuclease, putative, TT1808 / Putative restriction endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / FORMIC ACID / Putative restriction endonuclease domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Leptospirillum ferriphilum YSK (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Restriction Endonuclease Domain-Containing Protein from Leptospirillum ferriphilum YSK
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2025年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9y1l.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9y1l.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9y1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9y1l_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9y1l_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	9y1l_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	9y1l_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC41481

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative restriction endonuclease domain-containing protein

B: Putative restriction endonuclease domain-containing protein

ヘテロ分子

42.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.989, 76.989, 45.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Putative restriction endonuclease domain-containing protein 分子量: 21087.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Y981_08535, Putative Restriction Endonuclease Domain-Containing Protein 由来: (組換発現) Leptospirillum ferriphilum YSK (バクテリア) 遺伝子: BOX24_03850, LptCag_1749 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A094W816
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Unknown

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5539
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.4461

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 36195 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.5 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 31.7

反射シェル

解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 1568 / CC_1/2: 0.912 / R_pim(I) all: 0.15 / R_rim(I) all: 0.322 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→26.961 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.161 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.018 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1775	1725	4.778 %
R_work	0.1544	34377	-
all	0.156	-	-
obs	-	36102	98.575 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.363 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.363 Å²	-0 Å²
3-	-	-	10.726 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→26.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	8	185	2585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.829	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	1.754	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.159	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.061	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.461	10	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.797	10	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.087	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.583	2.828	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.578	2.828	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.427	5.072	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.424	5.072	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.44	3.047	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.437	3.047	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.472	5.455	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.469	5.455	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.921	4433.186	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.931	4451.74	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.101	3	4916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.692	0.229	69	0.206	2307	X-RAY DIFFRACTION	86.4
1.692-1.739	0.243	131	0.187	2394	X-RAY DIFFRACTION	97.265
1.739-1.789	0.233	146	0.186	2446	X-RAY DIFFRACTION	99.9229
1.789-1.844	0.225	96	0.163	2372	X-RAY DIFFRACTION	99.919
1.844-1.904	0.203	126	0.182	2313	X-RAY DIFFRACTION	99.9181
1.904-1.971	0.216	110	0.186	2220	X-RAY DIFFRACTION	99.9142
1.971-2.046	0.183	125	0.176	2131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.129	0.166	94	0.173	2072	X-RAY DIFFRACTION	99.9539
2.129-2.224	0.216	122	0.164	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.332	0.184	112	0.16	1878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.458	0.167	82	0.157	1817	X-RAY DIFFRACTION	99.9474
2.458-2.607	0.185	86	0.16	1694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.786	0.19	76	0.165	1625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-3.009	0.16	78	0.161	1458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.009-3.296	0.178	70	0.152	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
3.296-3.684	0.132	70	0.135	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.684-4.251	0.159	44	0.112	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
4.251-5.202	0.117	53	0.113	912	X-RAY DIFFRACTION	99.4845
5.202-7.334	0.346	16	0.177	727	X-RAY DIFFRACTION	100
7.334-26	0.203	19	0.17	333	X-RAY DIFFRACTION	85.0242

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0082	0.0163	0.0108	0.2202	-0.1314	0.2258	0.004	-0.015	0.007	-0.0347	-0.039	-0.019	0.0026	0.0167	0.035	0.0222	-0.013	0.0045	0.0373	-0.009	0.0396	-35.83	4.3594	-0.0762
2	0.3429	0.1391	0.0512	0.2037	-0.1311	0.1646	0.0186	-0.044	-0.0433	-0.0034	-0.0052	-0.0125	0.0105	-0.0178	-0.0135	0.0342	-0.0043	-0.0009	0.021	-0.0154	0.0374	-16.9932	-5.6571	-13.8737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	38 - 188
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	36 - 188

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