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- PDB-9y12: Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Prote... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 9y12

タイトル

Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis

要素

Acetyltransferase (GNAT) family protein

キーワード

TRANSFERASE / N-acetyl transferase / GNAT domain / Midwest center for Structural Genomics (MCSG) / PSI-2 / Protein Structure Initiative

機能・相同性

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETATE ION / COENZYME A / Acetyltransferase (GNAT) family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis
著者: Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2025年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9y12.cif.gz	638.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9y12.ent.gz	442.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9y12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9y12_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9y12_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	9y12_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	9y12_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y12	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: APC60129

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Acetyltransferase (GNAT) family protein

B: Acetyltransferase (GNAT) family protein

C: Acetyltransferase (GNAT) family protein

D: Acetyltransferase (GNAT) family protein

E: Acetyltransferase (GNAT) family protein

F: Acetyltransferase (GNAT) family protein

G: Acetyltransferase (GNAT) family protein

H: Acetyltransferase (GNAT) family protein

ヘテロ分子

155 kDa, 8 ポリマー
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A: Acetyltransferase (GNAT) family protein

G: Acetyltransferase (GNAT) family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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B: Acetyltransferase (GNAT) family protein

C: Acetyltransferase (GNAT) family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
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D: Acetyltransferase (GNAT) family protein

E: Acetyltransferase (GNAT) family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
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F: Acetyltransferase (GNAT) family protein

H: Acetyltransferase (GNAT) family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.963, 92.963, 218.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁
Space group name Hall	P3₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Acetyltransferase (GNAT) family protein / GNAT family N-acetyltransferase 分子量: 18305.037 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: CQW34_04244, F2Z25_15380, F2Z89_05330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A149N1Y8

#1: タンパク質

Acetyltransferase (GNAT) family protein / GNAT family N-acetyltransferase

分子量: 18305.037 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides fragilis (バクテリア)
遺伝子: CQW34_04244, F2Z25_15380, F2Z89_05330 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A149N1Y8

-
非ポリマー , 5種, 65分子

#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: k,h,-l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 72028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.973 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_pim(I) all: 0.098 / R_rim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / R_merge(I) obs: 1.005 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3574 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.499 / R_rim(I) all: 1.124 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.48 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 23.6413
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	3703	5.15 %
R_work	0.1889	68263	-
obs	0.1992	71966	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10128	0	492	35	10655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	10941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4663	14914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0403	1499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	1865
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2172	4050

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.55	0.2762	140	0.2784	3011	X-RAY DIFFRACTION	83.18
2.55-2.6	0.3208	168	0.2639	3451	X-RAY DIFFRACTION	95.31
2.6-2.65	0.3034	194	0.2616	3459	X-RAY DIFFRACTION	94.66
2.65-2.7	0.2905	230	0.2598	3388	X-RAY DIFFRACTION	93.64
2.7-2.76	0.2551	156	0.2516	3441	X-RAY DIFFRACTION	95.66
2.76-2.82	0.244	177	0.2419	3457	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.82-2.89	0.25	164	0.2332	3491	X-RAY DIFFRACTION	95.51
2.89-2.97	0.2447	185	0.2269	3373	X-RAY DIFFRACTION	94.8
2.97-3.06	0.2515	186	0.2263	3397	X-RAY DIFFRACTION	94.78
3.06-3.16	0.2894	176	0.2255	3506	X-RAY DIFFRACTION	95.22
3.16-3.27	0.2329	174	0.2221	3408	X-RAY DIFFRACTION	95.14
3.27-3.4	0.2544	168	0.2113	3465	X-RAY DIFFRACTION	95.38
3.4-3.56	0.2613	228	0.2009	3394	X-RAY DIFFRACTION	93.71
3.56-3.74	0.2325	208	0.2032	3455	X-RAY DIFFRACTION	94.32
3.75-3.98	0.2241	210	0.1745	3381	X-RAY DIFFRACTION	94.15
3.98-4.29	0.2122	173	0.1579	3452	X-RAY DIFFRACTION	95.23
4.29-4.72	0.1809	200	0.1516	3411	X-RAY DIFFRACTION	94.46
4.72-5.4	0.17	162	0.1546	3498	X-RAY DIFFRACTION	95.57
5.4-6.79	0.2213	236	0.1834	3360	X-RAY DIFFRACTION	93.44
6.8-46.48	0.2445	168	0.2105	3465	X-RAY DIFFRACTION	95.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.46714616883	-2.39006844108	0.929825690145	6.02217362756	-0.280379536135	1.30054807461	0.0347418205084	-0.0839386807249	-0.175593569062	0.188486246905	0.0791876901511	0.595048855017	-0.0419230147224	-0.533224836428	-0.116239393441	0.310701630164	0.0277956418211	0.0849459156391	0.468313073107	0.0445197308599	0.356967639786	-39.031307732	41.1071906947	-0.0105545552008
2	3.30172383884	-2.72645017814	-1.03392503773	7.16330341437	0.727895889675	5.53722445122	0.0898121939342	0.260327951949	-0.328606013684	-0.352279087414	-0.224595759959	0.388643698855	0.141472972352	-0.531837039523	0.153711406567	0.305341383819	0.0706192268926	-0.025797582125	0.382896236303	0.0116715832355	0.380277777819	-32.5497437049	31.5819480769	5.07012016205
3	1.20045823685	-0.852865415572	1.54799362187	3.84715435956	0.733435141063	4.10968291698	0.206969661528	-0.758074899936	-0.175533048464	-0.0666043805886	-0.0202004257338	-0.108468278172	0.232443250042	-0.659711158476	-0.234029970972	0.298304727795	0.0247377122032	0.0886136668215	0.313913171873	0.0447727998691	0.281944230638	-34.7258402572	42.3143088796	-2.24369323142
4	2.6850519664	-1.25696904222	1.90222215801	2.49244634998	0.32121554675	3.48732255602	0.330430116104	0.0950737694362	-0.670948814116	0.0705193205818	0.038134196956	0.251672688697	0.388276579933	0.0833498413128	-0.31808992903	0.319261929228	-0.0151393972893	0.0608524523768	0.257190061066	0.0746531442954	0.317018023719	-28.6754314132	34.5318194788	-9.220626546
5	7.24332975827	3.79439683705	6.45806371166	2.50923508788	3.43091606123	6.31932882835	-0.710976662791	0.279905113471	0.730574483253	-0.35893414476	0.527783187413	0.139896952703	-0.826720719093	0.182232575846	0.255893333777	0.336342705605	0.069561844817	0.0730725338268	0.329605767046	0.133794291638	0.511435197176	-29.3529217925	46.7388222615	-10.9992972868
6	0.920080891609	-0.0989404735516	0.279915393017	0.948058793204	0.17806147265	2.53974819347	-0.0348529001419	0.434497372194	-0.193108113097	-0.18613399796	0.116576023903	-0.24447582528	-0.0276040612284	0.129963237066	-0.101071154476	0.183494843393	0.0327365789579	0.0104509429647	0.292646394223	-0.0614640145662	0.381643421102	-22.2334427694	33.0217548168	-14.7093607173
7	1.82140322773	0.336452004825	0.352520946438	4.1990182015	-2.24370443571	7.47261374584	0.262679617306	-0.0516471622804	0.120764616732	-0.271876639602	-0.210442100503	0.0614582646287	0.50488517894	1.04216764521	-0.103980245659	0.245516761642	0.0897659621149	0.0569340496737	0.41171227945	0.0261971372708	0.557752610706	15.729680629	16.6304313646	-34.5854464416
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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51	51	chain 'G' and (resid 88 through 94 )	G	O	88 - 94	89 - 95
52	52	chain 'G' and (resid 95 through 109 )	G	O	95 - 109	96 - 110
53	53	chain 'G' and (resid 110 through 130 )	G	O	110 - 130	111 - 131
54	54	chain 'G' and (resid 131 through 142 )	G	O	131 - 142	132 - 143
55	55	chain 'G' and (resid 143 through 151 )	G	O	143 - 151	144 - 152
56	56	chain 'H' and (resid 0 through 23 )	H	Q	0 - 23	1 - 24
57	57	chain 'H' and (resid 24 through 40 )	H	Q	24 - 40	25 - 41
58	58	chain 'H' and (resid 41 through 59 )	H	Q	41 - 59	42 - 60
59	59	chain 'H' and (resid 60 through 94 )	H	Q	60 - 94	61 - 95
60	60	chain 'H' and (resid 95 through 110 )	H	Q	95 - 110	96 - 111
61	61	chain 'H' and (resid 111 through 119 )	H	Q	111 - 119	112 - 120
62	62	chain 'H' and (resid 120 through 130 )	H	Q	120 - 130	121 - 131
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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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