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Yorodumi- PDB-9y12: Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Prote... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9y12 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis | ||||||
Components | Acetyltransferase (GNAT) family protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-acetyl transferase / GNAT domain / Midwest center for Structural Genomics (MCSG) / PSI-2 / Protein Structure Initiative | ||||||
| Function / homology | acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETATE ION / COENZYME A / Acetyltransferase (GNAT) family protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Bacteroides fragilis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal Structure of N-Acetyl Transferase Domain-Containing Protein from Bacteroides fragilis Authors: Kim, Y. / Bigelow, L. / Clancy, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9y12.cif.gz | 638.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9y12.ent.gz | 442.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9y12.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9y12_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9y12_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 9y12_validation.xml.gz | 48.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 9y12_validation.cif.gz | 61.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/9y12 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 18305.037 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides fragilis (bacteria) / Gene: CQW34_04244, F2Z25_15380, F2Z89_05330 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 65 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.75 Å3/Da / Density % sol: 67.21 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10.5 Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M ammonium sulfate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97901 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2009 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97901 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.5 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 72028 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.2 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 11.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 1.005 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3574 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.499 / Rrim(I) all: 1.124 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.5→46.48 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / Phase error: 23.6413 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→46.48 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Bacteroides fragilis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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