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- PDB-9y0r: Importin alpha 2 in complex with ATF2 basic region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y0r
タイトルImportin alpha 2 in complex with ATF2 basic region
要素
  • Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Importin / ATF2 / bZIP / Complex / AP-1
機能・相同性
機能・相同性情報


abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cellular response to anisomycin ...abducens nucleus development / hypoglossal nucleus development / detection of cell density / H4 histone acetyltransferase complex / growth plate cartilage chondrocyte proliferation / facial nucleus development / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle myoblast proliferation / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / cellular response to anisomycin / cAMP response element binding / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / histone H2B acetyltransferase activity / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / brainstem development / cellular response to leucine starvation / Sensing of DNA Double Strand Breaks / NK T cell differentiation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / histone H4 acetyltransferase activity / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of viral life cycle / vacuole organization / apoptotic process involved in development / NGF-stimulated transcription / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / nuclear import signal receptor activity / motor neuron apoptotic process / response to osmotic stress / hepatocyte apoptotic process / Activation of the AP-1 family of transcription factors / p38MAPK cascade / outflow tract morphogenesis / white fat cell differentiation / peptidyl-threonine phosphorylation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / adipose tissue development / BMP signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / histone acetyltransferase activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / JNK cascade / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of angiogenesis / Regulation of PTEN gene transcription / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / promoter-specific chromatin binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / liver development / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cellular response to virus / lipid metabolic process / RNA polymerase II transcription regulator complex / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / host cell / site of double-strand break / HATs acetylate histones / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. ...Transcription factor cyclic AMP-dependent, CRE-BP1-type / : / bZIP transcription factor / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ghafoori, S.M. / Forwood, J.K.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Importin alpha 2 in complex with ATF2 basic region
著者: Ghafoori, S.M. / Forwood, J.K.
履歴
登録2025年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6952
ポリマ－58,6952
非ポリマー00
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.611, 90.120, 100.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 / cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP- ...cAMP-dependent transcription factor ATF-2 / Activating transcription factor 2 / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 2 / CREB-2 / cAMP-responsive element-binding protein 2 / HB16 / cAMP response element-binding protein CRE-BP1


分子量: 3427.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15336
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate 0.7 M, 0.1 M HEPES, 10 mM DTT, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.62 Å / Num. obs: 37013 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 33.41 Å2 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 16439 / Rpim(I) all: 0.799

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.62 Å / SU ML: 0.2364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6707
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1856 5.03 %
Rwork0.1913 35069 -
obs0.1928 36925 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 0 226 3564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50274644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0348555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.749455
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.29221270.25882653X-RAY DIFFRACTION99.68
2.26-2.330.28091330.24062665X-RAY DIFFRACTION99.82
2.33-2.40.27831370.2342681X-RAY DIFFRACTION99.89
2.4-2.490.28921500.21752646X-RAY DIFFRACTION99.93
2.49-2.590.26051290.20932675X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.70.25191360.22452675X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.850.22241450.20082684X-RAY DIFFRACTION99.93
2.85-3.020.23111430.19832682X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.260.24591500.20642683X-RAY DIFFRACTION99.82
3.26-3.580.21041580.19262682X-RAY DIFFRACTION99.82
3.59-4.10.20411500.16422727X-RAY DIFFRACTION99.83
4.1-5.160.19051460.15412748X-RAY DIFFRACTION99.86
5.16-29.620.1911520.18522868X-RAY DIFFRACTION99.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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