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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9xgk | ||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | Structure of mammalian RNA polymerase II stalled by Actinomycin D at the N-1 position. | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / mammalian RNA polymerase II / Actinomycin D | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape ...Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA/RNA hybrid binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / euchromatin / protein-DNA complex / mRNA transcription by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / chromatin binding / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Xu, J. / Zhao, W. | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Structure of mammalian RNA polymerase II stalled by Actinomycin D induced pausing at the N-1 position. 著者: Xu, J. / Zhao, W. | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9xgk.cif.gz | 834.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9xgk.ent.gz | 657 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9xgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/9xgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/9xgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 66852MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
| #1: タンパク質 | 分子量: 217436.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: G3MZY8, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA-directed RNA polymerase |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A5PJW8, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA-directed RNA polymerase |
| #3: タンパク質 | 分子量: 31466.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #4: タンパク質 | 分子量: 16347.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #9: タンパク質 | 分子量: 14507.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
| #5: タンパク質 | 分子量: 24514.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
|---|---|
| #6: タンパク質 | 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
| #14: DNA鎖 | 分子量: 14697.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
|---|---|
| #16: DNA鎖 | 分子量: 15082.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 MP
| #13: タンパク質・ペプチド | |
|---|---|
| #15: RNA鎖 | 分子量: 4100.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 9分子 


| #17: 化合物 | ChemComp-ZN / #18: 化合物 | ChemComp-MG / | |
|---|
-詳細
| 構成要素の詳細 | ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCI |
|---|---|
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: Structure of mammalian RNA polymerase II stalled by ActinomycinD at the N-1 position. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
| 急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
| 撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
| EMソフトウェア |
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| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 83354 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
| 精密化 | 最高解像度: 2.53 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について






中国, 1件
引用
PDBj



































































FIELD EMISSION GUN