PDB-9xfx: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9xfx

タイトル

Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA in complex with Tebipenem (imine form)

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Partial Carbapenemase / Acyl enzyme complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Class A beta-lactamase BlaA in complex with Tebipenem (imine form)
著者: Bhattacharya, S. / Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2025年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2025年11月12日	ID: 8IX8
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9xfx.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9xfx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9xfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9xfx_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9xfx_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9xfx_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	9xfx_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/9xfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/9xfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e2eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.342, 72.182, 43.543
Angle α, β, γ (deg.)	90, 96.087, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 31966.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: blaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01166, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-A1MCI / TEBIPENEM, BOUND FORM / (2~{S},3~{R},4~{R})-3-methyl-2-[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[1-(1,3-thiazolidin-2-yl)azetidin-3-yl]sulfanyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyrrole-5-carboxylic acid 分子量: 385.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₃N₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 2.0 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→27.92 Å / Num. obs: 44966 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 2227 / CC_1/2: 0.657 / R_rim(I) all: 0.368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5E2E

5e2e

解像度: 1.5→24.597 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 1.377 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	2244	4.992 %
R_work	0.1729	42707	-
all	0.174	-	-
obs	-	44951	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.187 Å²	0 Å²	0.057 Å²
2-	-	-0.599 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.587 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.597 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2012	0	39	275	2326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.218	1.822	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.187	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.567	7.857	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.048	10	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.644	10	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.26	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.513	1.252	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.225	2.24	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.243	1.656	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.864	2.885	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.275	22.897	3518

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.245	196	0.244	3122	0.244	3320	0.957	0.956	99.9398	0.234
1.539-1.581	0.276	147	0.227	3037	0.229	3187	0.95	0.964	99.9059	0.213
1.581-1.626	0.223	160	0.213	2981	0.214	3144	0.965	0.968	99.9046	0.199
1.626-1.676	0.261	158	0.203	2909	0.206	3067	0.955	0.972	100	0.186
1.676-1.731	0.251	139	0.19	2779	0.193	2919	0.961	0.976	99.9657	0.173
1.731-1.791	0.198	128	0.178	2734	0.179	2866	0.972	0.979	99.8604	0.161
1.791-1.859	0.205	135	0.169	2595	0.171	2732	0.975	0.981	99.9268	0.153
1.859-1.934	0.219	127	0.178	2567	0.18	2694	0.967	0.979	100	0.163
1.934-2.02	0.205	121	0.175	2412	0.176	2533	0.973	0.98	100	0.165
2.02-2.117	0.202	141	0.162	2282	0.165	2423	0.974	0.984	100	0.155
2.117-2.231	0.199	109	0.166	2221	0.168	2331	0.978	0.983	99.9571	0.162
2.231-2.365	0.219	132	0.161	2058	0.165	2190	0.971	0.983	100	0.159
2.365-2.527	0.188	110	0.163	1969	0.164	2081	0.977	0.983	99.9039	0.162
2.527-2.727	0.204	76	0.172	1844	0.173	1921	0.974	0.981	99.9479	0.173
2.727-2.983	0.219	93	0.171	1669	0.173	1767	0.97	0.981	99.717	0.176
2.983-3.329	0.174	86	0.157	1541	0.158	1630	0.98	0.984	99.816	0.168
3.329-3.833	0.162	64	0.14	1363	0.141	1427	0.985	0.987	100	0.155
3.833-4.666	0.158	55	0.144	1161	0.145	1219	0.98	0.987	99.7539	0.162
4.666-6.483	0.223	43	0.179	916	0.181	963	0.977	0.981	99.5846	0.202
6.483-24.597	0.182	24	0.205	546	0.204	573	0.98	0.975	99.4764	0.233

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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