PDB-9xc8: Crystal structure of Bacteroides uniformis O-acetyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9xc8

タイトル

Crystal structure of Bacteroides uniformis O-acetyltransferase

要素

Chloramphenicol O-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-acetyltransferase

機能・相同性

Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Chloramphenicol O-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides uniformis dnLKV2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Meng, C.Y. / Jian, X. / Wu, B.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bacteroides uniformis O-acetyltransferase
著者: Meng, C.Y. / Jian, X. / Wu, B.X.

履歴

登録	2025年10月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9xc8.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9xc8.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9xc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9xc8_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9xc8_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	9xc8_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	9xc8_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/9xc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/9xc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chloramphenicol O-acetyltransferase

B: Chloramphenicol O-acetyltransferase

C: Chloramphenicol O-acetyltransferase

ヘテロ分子

76.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.234, 117.923, 131.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-631- HOH
2	1	B-635- HOH
3	1	C-513- HOH
4	1	C-551- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 122 or (resid 123...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 12 or (resid 13...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 12 or (resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	THR	THR	A	A	1 - 203	2 - 204
d_1	2	PHE	PHE	SER	SER	A	A	205 - 217	206 - 218
d_2	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 93	2 - 94
d_2	2	PHE	PHE	THR	THR	B	B	96 - 203	97 - 204
d_2	3	PHE	PHE	SER	SER	B	B	205 - 217	206 - 218
d_3	1	MET	MET	GLY	GLY	C	C	1 - 93	2 - 94
d_3	2	PHE	PHE	THR	THR	C	C	96 - 203	97 - 204
d_3	3	PHE	PHE	SER	SER	C	C	205 - 217	206 - 218

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.307662070008, 0.57207531548, -0.760311701934), (-0.618334811908, -0.487130264692, -0.616738328307), (-0.723191614347, 0.659874183947, 0.203862576996)	-5.75258665412, -70.3318320075, -3.7508614329
2	given	(0.280357036874, -0.635091555027, -0.719762911387), (0.609020892225, -0.461897423834, 0.644782383979), (-0.741952481436, -0.619119929084, 0.257287832401)	-45.7049277767, -27.5657262205, -46.1592591552

#1: タンパク質	Chloramphenicol O-acetyltransferase 分子量: 25233.365 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first residue serine is from tag 由来: (組換発現) Bacteroides uniformis dnLKV2 (バクテリア) 遺伝子: C801_01421 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9HWB4
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER 分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→30 Å / Num. obs: 96335 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 22.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 13894 / CC_1/2: 0.863 / R_pim(I) all: 0.277 / R_rim(I) all: 1.021 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5156	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→29.98 Å / SU ML: 0.2012 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	4867	5.05 %
R_work	0.1885	91420	-
obs	0.1896	96287	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5199	0	24	719	5942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	5375
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8772	7305
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0585	779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8656	1888

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.768068308827
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.928015923932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.323	174	0.3215	2925	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.61-1.63	0.304	163	0.2868	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.63-1.65	0.34	160	0.2798	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.65-1.67	0.2778	168	0.2637	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.67-1.69	0.2905	154	0.2435	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.69-1.72	0.2922	146	0.2444	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.72-1.74	0.2659	157	0.2244	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.74-1.77	0.2599	173	0.2189	3006	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.77-1.79	0.2596	150	0.2192	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.79-1.82	0.2435	139	0.2177	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.2491	163	0.2203	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.2505	168	0.2238	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.89-1.92	0.2439	166	0.2271	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.92-1.96	0.3164	153	0.2151	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.96-2.01	0.2576	146	0.2027	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.01-2.05	0.1852	148	0.2028	3065	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.05-2.1	0.2472	162	0.2013	3056	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.1-2.16	0.2135	161	0.1988	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.16-2.23	0.2005	161	0.1954	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.2251	161	0.196	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.3-2.38	0.2366	176	0.2063	3015	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.38-2.47	0.2298	179	0.1897	3045	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.47-2.59	0.245	165	0.1897	3077	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.59-2.72	0.2057	136	0.1907	3047	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.72-2.89	0.2212	179	0.2013	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.89-3.12	0.2066	152	0.1865	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.1723	185	0.1746	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.43-3.93	0.1643	165	0.1555	3106	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.93-4.94	0.1644	159	0.1407	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.94-29.98	0.1831	198	0.1764	3202	X-RAY DIFFRACTION	99.33

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