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万見
- PDB-9x94: Apo Retron-Eco8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9x94
タイトルApo Retron-Eco8 complex
要素
  • DNA (75-MER)
  • RNA (81-MER)
  • Retron Eco8 OLD nuclease
  • Retron Eco8 reverse transcriptase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain, putative AbiEii toxin, Type IV TA system / : / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / ATPase, AAA-type, core / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Retron Eco8 OLD nuclease / Retron Eco8 reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Yu, Y. / Chen, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structural basis of Retron-Eco8-mediated antiphage defense.
著者: Chao Xiong / Huan Pu / Yiwen Tang / Ting Liu / Dantong Luo / Qiang Chen / Yamei Yu /
要旨: Retrons represent a novel class of bacterial defense systems that employ reverse transcriptase (RT), noncoding RNA, and effector proteins to counteract phage infections. In this study, we elucidate ...Retrons represent a novel class of bacterial defense systems that employ reverse transcriptase (RT), noncoding RNA, and effector proteins to counteract phage infections. In this study, we elucidate the molecular mechanism of a retron system, Retron-Eco8. Biochemical experiments reveal that the Retron-Eco8 holocomplex, rather than the effector alone, exhibits double-stranded DNA cleavage activity, triggering abortive infection and therefore effectively halting phage propagation. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals a supramolecular assembly comprising four RT subunits, four multicopy single-stranded DNA molecules, and four overcoming lysogenization defect (OLD) nucleases-a configuration critical for antiphage defense. Notably, we examine the activation of Retron-Eco8 by diverse single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, and phylogenetic analysis of these SSB proteins elucidates the phage resistance specificity. Collectively, our findings delineate the structural architecture of the Retron-Eco8 defense complex and provide mechanistic insights into retron-mediated bacterial immunity.
履歴
登録2025年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02026年3月25日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 2.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retron Eco8 reverse transcriptase
B: Retron Eco8 OLD nuclease
C: RNA (81-MER)
D: DNA (75-MER)
E: Retron Eco8 reverse transcriptase
F: Retron Eco8 OLD nuclease
G: RNA (81-MER)
H: DNA (75-MER)
I: Retron Eco8 reverse transcriptase
J: Retron Eco8 OLD nuclease
K: RNA (81-MER)
L: DNA (75-MER)
M: Retron Eco8 reverse transcriptase
N: Retron Eco8 OLD nuclease
O: RNA (81-MER)
P: DNA (75-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)719,04116
ポリマ－719,04116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Retron Eco8 reverse transcriptase / RT


分子量: 43273.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ret, ERS139198_01421, Ga0119705_103345 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DV59, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
Retron Eco8 OLD nuclease


分子量: 87373.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: old, ERS139198_01420, Ga0119705_103344 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DV58, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: RNA鎖
RNA (81-MER)


分子量: 25986.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Escherichia coli / 参照: GenBank: 1881611662
#4: DNA鎖
DNA (75-MER)


分子量: 23126.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 1881611662
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apo Retron-Eco8 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4841 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 304 nm
撮影電子線照射量: 56.58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.15.2_3472モデル精密化
13Coot３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303229 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.57 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00446697
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70364905
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.50810319
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0447466
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076655

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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