[日本語] English
万見
- PDB-9x1m: The cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP and dsDNA ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9x1m
タイトルThe cryo-EM structure of HerA-NurA complex with AMPPNP and dsDNA from Thermococcus kodakarensis
要素
  • (DNA) x 2
  • 5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs
  • DNA helicase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HerA / Helicase / NurA / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' DNA helicase activity / 5'-3' DNA helicase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Helicase HerA, barrel domain / HAS barrel domain / DNA double-strand break repair nuclease NurA-like / : / NurA domain / NurA domain / NurA / Helicase HerA-like / Helicase HerA, central domain ...: / Helicase HerA, barrel domain / HAS barrel domain / DNA double-strand break repair nuclease NurA-like / : / NurA domain / NurA domain / NurA / Helicase HerA-like / Helicase HerA, central domain / Helicase HerA, central domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / DNA / DNA (> 10) / 5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs / Bipolar DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
DNA molecule (その他)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Uda, K. / Numata, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP1922289 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21K05394 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02916 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K21281 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H00505 日本
引用ジャーナル: mBio / 年: 2026
タイトル: Substrate specificity and action mechanism of the HerA-NurA nuclease from the hyperthermophilic archaeon .
著者: Keishiro Uda / Takeshi Yamagami / Sonoko Ishino / Christoph Gerle / Chai C Gopalasingam / Hideki Shigematsu / Tomoyuki Numata / Yoshizumi Ishino /
要旨: The HerA-NurA complex reportedly functions in DNA end resection in archaea. End resection is important to start homologous recombination by forming a single-stranded DNA region with an overhanging 3'- ...The HerA-NurA complex reportedly functions in DNA end resection in archaea. End resection is important to start homologous recombination by forming a single-stranded DNA region with an overhanging 3'-end, which invades double-stranded DNA (dsDNA) with a homologous sequence to form a D-loop. Here, we studied the structure and functions of HerA-NurA from the hyperthermophilic archaeon, . Our analyses demonstrated that NurA is a non-directional and single-stranded specific nuclease, but the HerA-NurA complex cleaves both strands of dsDNA in an exonucleolytic manner, regardless of the structure of the DNA end. The 3D structures of HerA-NurA and its complex with dsDNA revealed the detailed molecular mechanisms of these nuclease reactions. These results suggest that HerA-NurA may not be involved in the end resection process but instead performs other functions, such as exerting an antiviral function by degrading the dsDNA of foreign viruses, similar to recent studies in bacteria.
IMPORTANCE: To understand the specific function of the HerA-NurA complex, which is believed to function in the end resection process to create a 3'-overhanging DNA for the following strand invasion ...IMPORTANCE: To understand the specific function of the HerA-NurA complex, which is believed to function in the end resection process to create a 3'-overhanging DNA for the following strand invasion in homologous recombination, we performed biochemical and structural analyses of this complex from a hyperthermophilic archaeon, , inhabiting a harsh environment where DNA is easily damaged. We found that the HerA-NurA complex cleaves both strands of double-stranded DNA in an exonucleolytic manner, regardless of the structure of the DNA end. Our structural analysis revealed the detailed characteristics of the nuclease activity exhibited by the HerA-NurA complex. Based on the presented information, it is unlikely that the HerA-NurA complex directly functions in end resection, but rather is involved in other functions, possibly in defense against viral infections.
履歴
登録2025年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA helicase
B: DNA helicase
C: DNA helicase
D: DNA helicase
E: DNA helicase
F: DNA helicase
G: 5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs
H: 5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs
I: DNA
J: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,51524
ポリマ－511,03810
非ポリマー3,47714
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
DNA helicase


分子量: 66118.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK2213 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5JHP7, DNA helicase
#2: タンパク質 5'-3' nuclease, encoded next to Rad50 and Mre11 homologs


分子量: 51035.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK2210 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5JHL5

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#3: DNA鎖 DNA


分子量: 6219.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 6038.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)

-
非ポリマー , 2種, 14分子

#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Thermococcus kodakarensis HerA-NurA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: Gold CodonPlus RIL / プラスミド: pET21a, pET24a
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMsodium chloride1
22.5 mMmanganese chloride1
31 mMAMPPNP1
40.001 %LMNG1
550 mMTris-HCl1
612 uMdsDNA1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5600
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3SerialEM画像取得
5cryoSPARCCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIXモデルフィッティング
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC分類
15cryoSPARC３次元再構成
16PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
17Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256392 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 9x1l

9x1l


Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00435284
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46947866
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6613380
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0415334
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046022

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る