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- PDB-9wyp: The PSI-ACPI supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wyp
タイトルThe PSI-ACPI supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • ACPI-1
  • ACPI-11
  • ACPI-12
  • ACPI-13/10
  • ACPI-14
  • ACPI-2
  • ACPI-3
  • ACPI-4
  • ACPI-5
  • ACPI-6
  • ACPI-7
  • ACPI-8
  • ACPI-9
  • CCPI-S
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaO
  • PsaQ
  • PsaR
キーワードPHOTOSYNTHESIS / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8CT / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE ...Chem-8CT / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chem-II3 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Li, X.Y. / Mao, Z.Y. / Han, G.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA0911900 中国
引用ジャーナル: Photosynth Res / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a PSI-ACPI supercomplex from a cryptophyte alga Chroomonas placoidea.
著者: Xingyue Li / Zhiyuan Mao / Zhenhua Li / Liangliang Shen / Xiaoyi Li / Yanyan Yang / Wenda Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
履歴
登録2025年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ACPI-1
2: ACPI-2
3: ACPI-3
4: ACPI-4
5: ACPI-5
6: ACPI-6
7: ACPI-7
8: ACPI-8
9: ACPI-12
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: PsaO
R: PsaR
Z: CCPI-S
a: ACPI-13/10
b: ACPI-14
c: ACPI-9
d: ACPI-13/10
e: ACPI-11
X: PsaQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,005,737458
ポリマ－671,30529
非ポリマー334,432429
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 18種, 19分子 123456789CORZadbceX

#1: タンパク質 ACPI-1


分子量: 23479.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#2: タンパク質 ACPI-2


分子量: 23400.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#3: タンパク質 ACPI-3


分子量: 24853.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#4: タンパク質 ACPI-4


分子量: 23548.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#5: タンパク質 ACPI-5


分子量: 24055.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#6: タンパク質 ACPI-6


分子量: 22688.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#7: タンパク質 ACPI-7


分子量: 24550.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#8: タンパク質 ACPI-8


分子量: 23700.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#9: タンパク質 ACPI-12


分子量: 23223.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#12: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8743.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI25, photosystem I
#21: タンパク質 PsaO


分子量: 16384.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#22: タンパク質 PsaR


分子量: 14468.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#23: タンパク質 CCPI-S


分子量: 29319.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#24: タンパク質 ACPI-13/10


分子量: 22270.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#25: タンパク質 ACPI-14


分子量: 23755.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#26: タンパク質 ACPI-9


分子量: 27212.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#27: タンパク質 ACPI-11


分子量: 22451.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)
#28: タンパク質 PsaQ


分子量: 24466.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物)

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#10: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83493.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIB4, photosystem I
#11: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82219.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI95, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJKLM

#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15590.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIA6
#14: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7352.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AIF3
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20393.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI52
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3975.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI78
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4862.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI55
#18: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 8836.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI34
#19: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16490.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI68
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3247.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chroomonas placoidea (真核生物) / 参照: UniProt: A0A222AI28

-
糖 , 1種, 2分子

#38: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 11種, 427分子

#29: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin


分子量: 564.840 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物
ChemComp-II3 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Monadoxanthin


分子量: 566.856 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin


分子量: 550.856 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#35: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物...
ChemComp-8CT / (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene


分子量: 536.873 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#40: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of PSI-ACPI supercomplex from cryptophyte algae
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2Topaz粒子像選択
3次元再構成解像度: 2.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171764 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.25 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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