PDB-9wlv: The Crystal Structure of Alpha-Beta-fold_hydrolase from Microluna...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9wlv

タイトル

The Crystal Structure of Alpha-Beta-fold_hydrolase from Microlunatus sagamiharensis.

要素

Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / (3R)-3-hydroxybutanoic acid / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

機能・相同性情報

生物種

Microlunatus sagamiharensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Huang, J. / Smith, S. / Wang, Q. / Bao, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Alpha-Beta-fold_hydrolase from Microlunatus sagamiharensis.
著者: Huang, J. / Smith, S. / Wang, Q. / Bao, X.

履歴

登録	2025年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9wlv.cif.gz	140.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9wlv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9wlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9wlv_validation.pdf.gz	475.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9wlv_full_validation.pdf.gz	479 KB	表示
XML形式データ	9wlv_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	9wlv_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/9wlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/9wlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

BBB: Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

ヘテロ分子

61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.212, 125.212, 79.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-301- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 0 - 289 / Label seq-ID: 1 - 290

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Pimeloyl-ACP methyl ester carboxylesterase 分子量: 30211.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microlunatus sagamiharensis (バクテリア) 遺伝子: SAMN04488544_1883 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H2MDS2

-
非ポリマー , 6種, 648分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-4HP / 4-HYDROXYPHENYLACETATE 分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-3HR / (3R)-3-hydroxybutanoic acid 分子量: 104.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris pH6.1, 1.8M (NH4)2SO4 + 0.25% 1,3,5-Pentanetricarboxylic acid, 0.25% 4-Hydroxyphenylacetic acid, 0.25% Benzoic acid, 0.25% Poly(3-hydroxybutyric acid),0.02 M HEPES Na pH6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.288 Å / Num. obs: 50439 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.2 % / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.986 / Num. unique obs: 3188

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→49.288 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.418 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	2527	5.016 %
R_work	0.144	47850	-
all	0.146	-	-
obs	-	50377	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.733 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.437 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.437 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.873 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4248	0	88	634	4970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.63	6076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.511	1.577	9605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.27	5	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.277	20	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.062	15	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.664	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	4123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.219	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.14	2.187	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.132	2.186	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.868	3.272	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.871	3.273	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.516	2.66	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.515	2.661	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.213	3.818	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.212	3.82	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.524	43.814	19884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.316	43.047	19253
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	8942

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10356	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10356	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.245	179	0.185	3472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.003	0.213	167	0.171	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.061	0.173	192	0.158	3280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.212	160	0.152	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.194	0.176	144	0.143	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.271	0.188	176	0.137	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.271-2.356	0.174	169	0.138	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.453	0.22	157	0.137	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.561	0.187	143	0.133	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.561-2.686	0.152	129	0.129	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.686-2.832	0.182	114	0.144	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-3.003	0.167	125	0.135	2348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.21	0.166	129	0.144	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.467	0.197	127	0.153	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.467-3.797	0.164	100	0.142	1906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.245	0.168	82	0.133	1746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.245-4.899	0.121	84	0.112	1531	X-RAY DIFFRACTION	100
4.899-5.996	0.149	56	0.157	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
5.996-8.46	0.227	58	0.171	1055	X-RAY DIFFRACTION	100
8.46-49.288	0.251	36	0.171	631	X-RAY DIFFRACTION	99.1085

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