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万見
- PDB-9wjw: Cryo-EM structure of the GarQ-lmYZ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wjw
タイトルCryo-EM structure of the GarQ-lmYZ complex
要素
  • Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
  • PTS mannose family transporter subunit IID
  • Prepeptide GarQ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / antibiotic resistance / antimicrobial peptides / mannose phosphotransferase system / Man-PTS / bacteriocins / non-pediocin-like/class IId bacteriocins / Garvicin Q / GarQ
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / defense response to bacterium / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin, class IId / Lactococcin-like family / Bacteriocin-type signal sequence / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / PTS mannose family transporter subunit IID / Prepeptide GarQ / Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
Lactococcus garvieae (乳酸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Wang, J.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the broad-spectrum antimicrobial activity of Garvicin Q
著者: Wang, J.W.
履歴
登録2025年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
G: PTS mannose family transporter subunit IID
S: Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
T: PTS mannose family transporter subunit IID
A: Prepeptide GarQ
Y: Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC
Z: PTS mannose family transporter subunit IID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,23010
ポリマ－187,6897
非ポリマー5403
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Mannose/fructose/sorbose family PTS transporter subunit IIC / PTS mannose/fructose/sorbose transporter subunit IIC / PTS system sorbose-specific EIIC component


分子量: 27377.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: sorA, sora, A3R20_11195, A8L61_14515, AB917_01950, ABZ57_09825, AE233_00630, AJL21_02165, AP104_04065, ARR48_10220, ART25_13030, ARY78_13630, B1N52_06240, B1S26_07815, B4X68_12445, B5K54_ ...遺伝子: sorA, sora, A3R20_11195, A8L61_14515, AB917_01950, ABZ57_09825, AE233_00630, AJL21_02165, AP104_04065, ARR48_10220, ART25_13030, ARY78_13630, B1N52_06240, B1S26_07815, B4X68_12445, B5K54_07660, BB997_05725, BCZ19_15275, BCZ21_05325, CA369_04850, CAC64_07455, CAV64_13735, CW845_05135, CW895_08900, D4920_07280, D4B11_07875, D5N24_06625, D7104_05030, DCK61_14375, DCT16_05775, DQ70_12490, DU018_08255, DYZ80_00883, E1W56_07855, E1X78_07945, E5F58_14000, E5H26_12030, EX365_09020, EXZ73_03360, F6436_01900, F6515_08315, FA835_09550, FLQ97_00880, FLR03_08660, FNX40_02200, FV747_01955, FZW98_07120, G3O21_000383, GHH22_13960, GI949_01920, GIH49_05190, GJW51_04690, GQG13_06195, GYR60_10730, GYS09_07230, GYX23_01860, GYY14_04735, HQN34_001832, HZJ64_04955, IP987_000532, KV70_01895, QD52_06040, UI29_06055, Y261_12645
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5LAD9
#2: タンパク質 PTS mannose family transporter subunit IID / lmManZ / PTS mannose/fructose/sorbose transporter family subunit IID


分子量: 33402.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: E5H26_12035, FZW98_07125, GIH49_05195, IP987_000531
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E8EBU8
#3: タンパク質・ペプチド Prepeptide GarQ


分子量: 5349.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus garvieae (乳酸菌) / 遺伝子: garQ / 発現宿主: Lactococcus phage phiL47 (ファージ) / 参照: UniProt: H6U5Y1
#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Man-PTS from Lactococcus garvieae / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Lactococcus garvieae (乳酸菌)1363
31Listeria monocytogenes (バクテリア)1639
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Lactococcus phage phiL47 (ファージ)1412875
31Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55270 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.96 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312998
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60517678
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.421790
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042131
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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