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万見
- PDB-9wjh: Spiroindoline-bound human VAChT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wjh
タイトルSpiroindoline-bound human VAChT
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vesicular acetylcholine transporter,DARPins
キーワードTRANSPORT PROTEIN / VAChT / SLC18A3 / Acetylcholine / Spiroindoline
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / positive regulation of neuromuscular junction development / AP-1 adaptor complex / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / monoamine:proton antiporter activity / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / AP-2 adaptor complex ...acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / positive regulation of neuromuscular junction development / AP-1 adaptor complex / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / monoamine:proton antiporter activity / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / AP-2 adaptor complex / serotonin uptake / neurotransmitter transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cell chemotaxis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / outer membrane-bounded periplasmic space / chemical synaptic transmission / periplasmic space / DNA damage response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / MFS transporter superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Vesicular acetylcholine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang, Z. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471252 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of VAChT inhibition by spiroindolines and alkylsulfones.
著者: Yang Zhang / Zhe Zhang /
要旨: Cholinergic signaling relies on the vesicular acetylcholine transporter (VAChT) to package acetylcholine (ACh) into synaptic vesicles. VAChT dysfunction is implicated in neurological and ...Cholinergic signaling relies on the vesicular acetylcholine transporter (VAChT) to package acetylcholine (ACh) into synaptic vesicles. VAChT dysfunction is implicated in neurological and neuromuscular disorders, including Alzheimer's disease and myasthenia gravis, yet current inhibitors such as vesamicol suffer from off-target effects. Here, we present cryo-EM structures of human VAChT bound to two inhibitors, spiroindoline and alkylsulfone, revealing their divergent binding modes that converge in occupying the central substrate pocket. Mutagenesis studies identify conserved residues critical for inhibitor binding. These findings elucidate the molecular mechanisms by which VAChT binds structurally distinct inhibitors, providing a blueprint for designing optimized therapeutics. Furthermore, species-specific structural variations identified here suggest opportunities to develop selective insecticides through ortholog-targeted inhibition. Taken together, this work bridges mechanistic insights with therapeutic and agricultural applications, advancing precision tools for modulating the cholinergic system.
履歴
登録2025年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vesicular acetylcholine transporter,DARPins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2462
ポリマ－112,7051
非ポリマー5411
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vesicular acetylcholine transporter,DARPins / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / VAChT / Solute carrier family ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / VAChT / Solute carrier family 18 member 3


分子量: 112705.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: K-12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, SLC18A3, VACHT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q16572
#2: 化合物 ChemComp-A1EWS / (6-bromanylpyridin-3-yl)-[1'-[(~{E})-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enyl]-5-fluoranyl-spiro[2~{H}-indole-3,4'-piperidine]-1-yl]methanone


分子量: 540.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24BrClFN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human VAChT in complex with spiroindoline / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.25
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21_5207:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 328769 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0073087
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.114219
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.0471088
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.056503
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.009520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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