PDB-9whf: Crystal Structure of Duck STING bound to diABZI3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9whf

タイトル

Crystal Structure of Duck STING bound to diABZI3

要素

Stimulator of interferon genes protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / STING / diABZI3

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Anas platyrhynchos (アヒル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Zhao, Z.Z. / Li, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Species-Specific Regulation of STING by a C195 Disulfide Tetramer in Duck
著者: Zhao, Z.Z. / Li, X.

履歴

登録	2025年8月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9whf.cif.gz	97.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9whf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9whf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/9whf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/9whf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9wh7C 9wh8C 9wh9C 9whaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.050, 67.050, 98.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-577- HOH

#1: タンパク質	Stimulator of interferon genes protein 分子量: 22038.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B9TBW9
#2: 化合物	ChemComp-A1AZ0 / 1-[(2E)-4-{5-carbamoyl-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)amino]-7-methoxy-1H-1,3-benzimidazol-1-yl}but-2-en-1-yl]-2-[(1-ethyl-3-methyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)amino]-7-[3-(morpholin-4-yl)propoxy]-1H-1,3-benzimidazole-5-carboxamide 分子量: 849.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₁N₁₃O₇ 詳細: Author stated: In the complex, the morpholine ring of diABZI3 is highly flexible and thus poorly ordered in the electron-density maps, precluding reliable modeling. タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05 M Cesium chloride, 0.1 M MES monohydrate pH6.5, 30%v/v Jeffamine M-600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→67.05 Å / Num. obs: 27682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 1353 / CC_1/2: 0.556

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→29.99 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	1484	5.38 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.195	27609	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1544	0	0	188	1732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	2149
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.753	590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.7	0.3102	120	0.3265	2341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.3346	129	0.2872	2347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.83	0.2808	132	0.2538	2309	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.92	0.2304	151	0.2219	2335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.02	0.2586	130	0.2054	2334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.15	0.2665	147	0.2043	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.31	0.2106	119	0.1894	2379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.54	0.1931	145	0.1881	2344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.91	0.2244	133	0.1901	2402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.67	0.2033	134	0.1793	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-29.99	0.1868	144	0.1773	2567	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0337	1.2081	-0.4737	3.8277	-0.4601	2.8681	-0.1828	0.1774	-0.7215	-0.3686	0.1055	-0.5403	0.5971	0.2221	-0.0007	0.2541	0.0444	0.01	0.195	-0.0494	0.2976	-5.4213	-13.0982	-31.0788
2	6.4756	0.8211	0.5686	6.8129	0.6979	5.9078	0.0807	-0.0882	-0.6837	-0.0723	-0.0374	-0.7288	0.5045	0.1123	0.0311	0.2185	0.0549	-0.0459	0.1743	-0.0057	0.2885	-4.0628	-19.8054	-28.4341
3	0.8428	0.7567	0.4758	2.9418	1.7478	2.0607	0.0135	0.0279	-0.012	-0.0005	-0.0864	0.1747	0.0774	-0.1944	0.084	0.1278	-0.001	-0.0206	0.181	0.0038	0.1833	-15.1902	-6.9358	-27.6356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 157 through 221 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 222 through 265 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 266 through 344 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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