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- PDB-9wbt: Crystal Structure of Escherichia coli GroEL with Magnesium Ions a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wbt
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli GroEL with Magnesium Ions and a Phosphorylated Serine Residue-3.2A
要素(Chaperonin GroEL) x 2
キーワードCHAPERONE / Escherichia coli GroEL
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / HEXANE-1,6-DIOL / Chaperonin GroEL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guo, Y. / Zhang, L. / Zheng, H. / Li, J. / Han, Q.
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS062836 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31860702 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli GroEL with Magnesium Ions and a Phosphorylated Serine Residue
著者: Guo, Y. / Zhang, L. / Zheng, H. / Li, J. / Han, Q.
履歴
登録2025年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperonin GroEL
B: Chaperonin GroEL
C: Chaperonin GroEL
D: Chaperonin GroEL
E: Chaperonin GroEL
F: Chaperonin GroEL
G: Chaperonin GroEL
H: Chaperonin GroEL
I: Chaperonin GroEL
J: Chaperonin GroEL
K: Chaperonin GroEL
L: Chaperonin GroEL
M: Chaperonin GroEL
N: Chaperonin GroEL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)810,15682
ポリマ－804,04414
非ポリマー6,11268
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area65560 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area288140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.835, 262.165, 284.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 14分子 ABEFHJMCDGIKLN

#1: タンパク質
Chaperonin GroEL / 60 kDa chaperonin / Chaperonin-60 / Cpn60


分子量: 57471.688 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: The sequence of organism Escherichia coli BL21(DE3) is not available during the biocuration, replaced by Q1R3B6 temporarily.
由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R3B6, chaperonin ATPase
#2: タンパク質
Chaperonin GroEL / 60 kDa chaperonin / Chaperonin-60 / Cpn60


分子量: 57391.711 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: GroEL,The sequence of organism Escherichia coli BL21(DE3) is not available during the biocuration, replaced by Q1R3B6 temporarily.
由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R3B6, chaperonin ATPase

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非ポリマー , 5種, 115分子

#3: 化合物...
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE


分子量: 163.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Solution contains 3.4 M 1,6-Hexanediol, 0.2 M MgCl2, 2 mM 2-mercaptoethanol, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.2 Å / Num. obs: 167177 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.71 / Num. unique obs: 16363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 20.039 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 8340 5 %RANDOM
Rwork0.19603 ---
obs0.19804 157666 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54106 0 364 47 54517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01254816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01655527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8531.82973827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.31.763127950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.38757334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.9845308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.711010128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.28954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0263756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0210540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.326.82329381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.3186.82229378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.70412.26536698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.70412.26536699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.5497.62825435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.5497.62825436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.7413.75837130
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.86682.84229431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.86682.84229432
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.202→3.285 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 575 -
Rwork0.288 11364 -
obs--97.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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