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- PDB-9wai: Yeast-expressed polio type 1 stablized virus-like particles with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wai
タイトルYeast-expressed polio type 1 stablized virus-like particles with 3G10 Fab
要素
  • (Capsid protein ...) x 4
  • heavy chain
  • light chain
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE/IMMUNE SYSTEM / Poliovirus type 1 / virus-like particles / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus 1 (ポリオウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hong, Q. / Cong, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2026
タイトル: Structural insight into the assembly and D antigenicity of polio type 1 stabilized virus-like particles.
著者: Qin Hong / Tian Chen / Wenyu Han / Shuxia Wang / Chaoyang Lian / Yujie Zhang / Lizhu Ruan / Tingfeng Wang / Cheng Lin / Congcong Song / Qingwei Liu / Xiaoli Wang / Yao Cong / Zhong Huang /
要旨: The inherent instability of poliovirus capsids presents a formidable challenge for developing next-generation vaccines suitable for a post-eradication world. Here, we address this by engineering a ...The inherent instability of poliovirus capsids presents a formidable challenge for developing next-generation vaccines suitable for a post-eradication world. Here, we address this by engineering a thermally stabilized virus-like particle (sVLP) derived from the poliovirus serotype 1 (PV1) Mahoney-SC7 mutant and elucidating its atomic-level structure. Produced at remarkably high yields in Pichia pastoris yeast, our engineered sVLP maintains a native, D-antigenic conformation and elicits a potent neutralizing antibody response in mice, in sharp contrast to unstable wild-type VLP (wtVLP) which adopts an expanded, non-immunogenic form. Our 2.43 Å resolution cryo-EM structure reveals precisely how seven stabilizing mutations cooperatively enhance inter-protomer contacts and rigidify surface loops to lock the particle in its immunogenic state. We further define a critical D-antigenic epitope by determining the 2.60 Å structure of the sVLP in complex with a novel D-antigen-specific, neutralizing monoclonal antibody, 3G10, elucidating the structural mechanisms of D-antigen recognition and virus neutralization by 3G10. These findings provide a definitive structural blueprint for engineering stable, immunogenic vaccines for PVs and other enteroviruses and also deliver a vital reagent for ensuring vaccine quality control.
履歴
登録2025年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 2.02026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 2.12026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP3
B: Capsid protein VP2
E: heavy chain
F: light chain
A: Capsid protein VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6106
ポリマ－145,6106
非ポリマー00
水00
1
D: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP3
B: Capsid protein VP2
E: heavy chain
F: light chain
A: Capsid protein VP4
x 119


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,327,643714
ポリマ－17,327,643714
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation118

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要素

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Capsid protein ... , 4種, 4分子 DCBA

#1: タンパク質 Capsid protein VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 33451.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03300
#2: タンパク質 Capsid protein VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26550.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 Capsid protein VP2 / P1B / Virion protein 2


分子量: 30059.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P03300
#6: タンパク質 Capsid protein VP4


分子量: 7424.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: B0L5S6

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抗体 , 2種, 2分子 EF

#4: 抗体 heavy chain


分子量: 24369.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#5: 抗体 light chain


分子量: 23755.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast-expressed polio type 1 stablized virus-like particles with 3G10 Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2cryoSPARCv4.4.0粒子像選択
3PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17984 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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