PDB-9w8p: Isomerase at 260K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w8p

タイトル

Isomerase at 260K

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / Immunophilin

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / cytoplasmic side of membrane / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guven, O. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isomerase at 260K
著者: Guven, O. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w8p.cif.gz	99.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w8p.ent.gz	76.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w8p_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w8p_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	9w8p_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	9w8p_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.380, 36.344, 55.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-88- HIS
2	1	A-229- HOH
3	1	B-221- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A 分子量: 11967.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62942
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Ammonium Sulfate, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 260 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→18.39 Å / Num. obs: 13924 / % possible obs: 96.73 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 27.33
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 1294 / CC_1/2: 0.989

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→18.39 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 30.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	1354	10.01 %
R_work	0.2172	-	-
obs	0.2202	13533	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	134	1814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	2314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.344	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.07	0.3033	130	0.2303	1164	X-RAY DIFFRACTION	95
2.07-2.15	0.2842	131	0.2169	1190	X-RAY DIFFRACTION	95
2.15-2.25	0.246	136	0.217	1216	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.37	0.2784	134	0.2139	1203	X-RAY DIFFRACTION	97
2.37-2.52	0.2587	132	0.2233	1194	X-RAY DIFFRACTION	97
2.52-2.71	0.2924	136	0.2455	1228	X-RAY DIFFRACTION	97
2.71-2.98	0.2955	138	0.2539	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
2.98-3.41	0.2355	137	0.2288	1228	X-RAY DIFFRACTION	97
3.41-4.29	0.2026	138	0.1991	1246	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3-18.39	0.2068	142	0.1895	1270	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1321	-1.5533	-1.9972	5.0978	2.436	4.8861	-0.6243	-0.6532	-0.1597	1.0015	0.5151	0.2002	0.7581	0.2043	0.0375	0.21	-0.0387	0.0275	0.2051	0.0296	0.1995	-19.5068	-20.2483	10.0944
2	3.1379	1.0501	-1.5175	0.793	-0.7631	5.0132	-0.3475	0.3342	-0.5353	-0.0589	-0.1126	0.3406	0.1226	0.0514	0.0404	0.0828	0.0011	-0.0348	0.1615	-0.0307	0.2008	-27.8394	-15.0815	-3.0476
3	2.1457	-0.1034	0.3564	2.0386	-0.1078	1.9826	-0.0384	-0.0058	0.1458	0.1212	-0.0533	-0.0281	-0.0723	0.1664	0.0047	0.1138	-0.0021	0.0257	0.0758	0.0036	0.1039	-12.5825	-11.83	1.7694
4	3.8916	-1.8157	0.6237	1.4806	-0.4711	0.4282	0.0119	0.0933	0.0045	0.0533	-0.084	-0.051	-0.0377	0.0413	0.0301	0.0681	-0.001	-0.0012	0.0428	0.0046	0.0821	-13.9064	-18.825	5.2603
5	2.2532	1.5182	0.469	1.7173	-0.6508	1.3376	0.6925	0.2549	0.37	-0.4856	0.456	-0.9487	-1.7585	1.0822	0.041	-1.5516	-0.8443	0.2829	-0.1461	0.1286	0.4876	2.6552	-15.0477	4.282
6	1.926	-0.6852	0.5263	1.7445	-0.0982	0.7785	-0.0156	-0.0291	0.108	0.0767	-0.1072	-0.0179	-0.1578	0.0766	0.0939	0.089	-0.0194	0.0352	0.096	0.036	0.0717	-12.9426	-13.9399	4.5133
7	3.9499	-0.611	-1.8173	4.6434	2.3233	5.6802	-0.4777	-0.9025	-0.6796	1.2521	0.5009	-0.1204	0.683	-0.2458	-0.0474	0.3487	-0.0554	-0.0279	0.3585	0.0998	0.2563	-22.4301	-4.3658	37.5033
8	2.2907	0.1372	0.0436	0.533	-0.4404	1.7257	0.0768	0.34	-0.1334	-0.1566	-0.0923	0.2441	0.0777	-0.1663	-0.0719	0.1274	0.0098	-0.0043	0.1377	-0.0339	0.1874	-24.2285	3.4685	27.5932
9	2.7316	0.486	-0.2763	1.0082	1.1187	1.8923	-0.1979	-0.7078	0.6437	1.0414	0.1674	-0.2659	-0.1589	0.4904	-0.1635	0.4249	-0.0485	0.0063	0.5072	-0.0146	0.3408	-10.473	7.4294	37.3952
10	3.8729	0.0444	-0.6525	1.6122	-0.8756	2.2217	0.087	0.3196	-0.074	-0.1085	-0.1919	-0.1086	-0.0755	-0.0019	0.0374	0.1989	0.0173	-0	0.1863	0.0223	0.113	-17.5695	1.4168	24.3037
11	4.1123	-1.572	0.5455	1.4449	-0.1814	0.9879	0.0657	-0.396	-0.1992	0.0742	-0.0216	0.1066	0.0239	-0.0095	0.0207	0.1424	-0.0461	-0.0056	0.1979	0.0105	0.1265	-16.7883	-2.9115	32.7804
12	0.7093	-0.6803	0.2985	3.0147	3.2317	5.3371	0.1177	0.1073	-0.0123	-0.3646	0.2506	-0.458	-0.9575	1.1092	-0.0195	0.2406	-0.0929	-0.0398	0.3324	0.0182	0.2169	-0.4274	0.8369	31.7964
13	2.6311	-0.852	0.7464	2.0091	-0.0071	1.6493	-0.0418	-0.1373	0.2686	0.1699	-0.1233	-0.0665	-0.1584	0.2013	0.0418	0.1534	-0.0155	0.0245	0.2104	0.0408	0.1429	-15.8053	2.0145	32.0771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 10 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 44 through 66 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 86 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 91 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 92 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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