PDB-9w8o: Isomerase at 285K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w8o

タイトル

Isomerase at 285K

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / Immunnophilin

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guven, O. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isomerase at 285K
著者: Guven, O. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w8o.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w8o.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w8o_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w8o_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	9w8o_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	9w8o_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.230, 36.046, 55.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-88- HIS
2	1	A-220- HOH
3	1	B-217- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A 分子量: 11967.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62942
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Ammonium Sulfate, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 285 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→18.02 Å / Num. obs: 12906 / % possible obs: 89.23 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.22
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 1121 / CC_1/2: 0.988

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→18.02 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	1241	10.02 %
R_work	0.2176	-	-
obs	0.2221	12391	89.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	86	1766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.699	2314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.923	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.08	0.2567	123	0.2232	1108	X-RAY DIFFRACTION	82
2.08-2.17	0.2521	128	0.2337	1148	X-RAY DIFFRACTION	84
2.17-2.29	0.2979	132	0.2197	1185	X-RAY DIFFRACTION	87
2.29-2.43	0.2928	138	0.2256	1245	X-RAY DIFFRACTION	90
2.43-2.62	0.2788	137	0.2435	1239	X-RAY DIFFRACTION	90
2.62-2.88	0.2803	146	0.2576	1306	X-RAY DIFFRACTION	94
2.88-3.3	0.3271	149	0.2321	1342	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3-4.14	0.2347	146	0.2021	1309	X-RAY DIFFRACTION	93
4.15-18.02	0.215	142	0.1865	1268	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8568	-2.6042	-2.8118	8.5203	4.1109	8.5138	-0.7657	-1.0493	-0.649	1.5087	0.8125	0.5153	0.9389	0.5212	-0.1523	0.2654	-0.0146	0.0214	0.317	0.0571	0.2575	-19.5432	-20.1329	10.0552
2	5.5513	1.7409	-0.7049	2.1919	-1.3431	5.9872	-0.4638	0.6239	-1.0919	-0.1179	-0.2414	0.6043	0.4333	-0.0406	-0.0741	0.1487	-0.0068	0.0093	0.2636	0.0178	0.2993	-27.8127	-14.8869	-3.0455
3	5.2567	-0.9412	1.8548	4.7723	-0.7427	5.0559	0.0373	-0.1016	0.4768	0.178	-0.1372	-0.205	-0.1791	0.0633	0.0994	0.133	-0.0329	0.0579	0.1409	0.0095	0.1778	-11.5038	-9.6886	2.2878
4	4.9707	0.7392	-1.1612	0.1902	0.1947	2.9649	-0.812	1.1032	-0.8222	0.2146	0.485	-0.3887	0.4933	-0.1154	-0.1215	0.2199	-0.0265	0.0036	0.158	0.0278	0.2463	-16.8931	-19.8798	-0.3291
5	5.9022	-1.9618	1.0872	2.194	-0.4808	0.4574	0.1144	0.0712	-0.0826	-0.0622	-0.0854	-0.0874	0.0073	0.0326	-0.0442	0.1491	-0.0203	0.0109	0.0845	0.0116	0.1494	-13.886	-18.6791	5.2506
6	0.4221	0.2872	-0.5848	2.7545	2.7258	4.8135	1.0031	-0.0856	0.4653	-1.0844	0.2414	-1.4785	-1.3236	1.1269	-0.0042	0.2286	0.0066	0.0557	0.3401	0.0055	0.3314	2.6506	-14.9436	4.2805
7	2.9756	-0.0998	0.3163	2.5137	-0.2572	1.7006	0.0568	0.163	0.0053	0.1455	-0.1463	0.0627	-0.094	0.0264	0.0047	0.1045	-0.0116	0.0483	0.1266	0.0253	0.0532	-12.9529	-13.8208	4.5292
8	4.4581	-0.5465	-1.5419	5.5714	3.6502	6.4656	-0.5839	-1.4363	-0.6581	1.6313	1.0672	0.198	1.1666	0.2596	-0.2612	0.4961	-0.0895	0.0387	0.603	0.0739	0.3026	-16.6269	-4.7448	-17.7187
9	4.2804	0.0836	-0.2498	2.4017	-1.3805	2.7704	0.0968	0.4541	0.0365	-0.1146	-0.0776	0.3105	0.2526	-0.2695	-0.0998	0.2114	0.0082	0.0103	0.2167	-0.068	0.2811	-18.3896	3.1253	-27.5814
10	5.4054	-0.0782	-0.1463	4.5857	0.6372	3.6075	-0.5748	-0.9963	0.9558	1.1346	0.3851	-0.7206	-0.2638	-0.0606	0.1288	0.4054	-0.0818	-0.028	0.5485	-0.0865	0.4289	-4.6181	7.0118	-17.8016
11	6.0434	0.084	0.3934	1.894	-1.1793	4.2692	0.0728	0.5479	0.0121	-0.1612	-0.1148	-0.1062	0.0199	-0.1668	0.0761	0.2194	-0.0041	-0.0064	0.2534	0.0074	0.1693	-11.7204	1.0875	-30.9185
12	5.9538	-1.4554	1.7304	1.6714	-0.4691	1.0656	0.0614	-0.3682	-0.5282	0.0397	0.0174	0.2543	0.1778	-0.1485	-0.0693	0.2953	-0.064	0.0125	0.251	0.028	0.2188	-10.9623	-3.2465	-22.4294
13	1.3485	-3.2776	-2.7784	8.261	7.1374	6.2238	0.1045	0.255	0.3944	-1.5662	0.5186	0.1359	-1.6953	1.1332	0.4089	0.3587	-0.231	-0.1457	0.6489	-0.0193	0.0503	5.3934	0.4287	-23.4154
14	5.3031	-0.6536	0.1409	2.2693	0.002	2.4217	0.0422	-0.2166	0.0539	0.3367	-0.0992	0.1071	-0.0531	-0.0623	-0.0186	0.2254	-0.046	0.0144	0.1758	-0.0146	0.1247	-9.978	1.6314	-23.112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 91 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 92 through 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 31 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 44 through 66 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 67 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 87 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 92 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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