PDB-9w8m: Isomerase at 240K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w8m

タイトル

Isomerase at 240K

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / Immunophilin

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / transforming growth factor beta receptor binding / cytoplasmic side of membrane / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guven, O. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isomerase at 240K
著者: Guven, O. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w8m.cif.gz	99.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w8m.ent.gz	76.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w8m_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w8m_full_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示
XML形式データ	9w8m_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	9w8m_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.410, 36.431, 55.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-88- HIS
2	1	A-244- HOH
3	1	B-232- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A 分子量: 11967.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62942
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Ammonium Sulfate, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 240 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→18.22 Å / Num. obs: 13388 / % possible obs: 93.93 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 29.46
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 1229 / CC_1/2: 0.993

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→18.22 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 30.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2696	1314	10.01 %
R_work	0.2256	-	-
obs	0.23	13132	94.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	149	1829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.678	2314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.873	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.08	0.2781	139	0.2235	1256	X-RAY DIFFRACTION	91
2.08-2.17	0.2788	140	0.2185	1255	X-RAY DIFFRACTION	92
2.17-2.29	0.2719	143	0.2196	1290	X-RAY DIFFRACTION	93
2.29-2.43	0.256	145	0.2271	1310	X-RAY DIFFRACTION	95
2.43-2.62	0.3197	148	0.2439	1330	X-RAY DIFFRACTION	96
2.62-2.88	0.259	151	0.2565	1363	X-RAY DIFFRACTION	98
2.88-3.3	0.3191	150	0.2427	1346	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3-4.15	0.2515	150	0.2121	1343	X-RAY DIFFRACTION	95
4.15-18.22	0.2349	148	0.2047	1325	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4076	1.6744	-2.4081	4.7108	-2.9778	5.2972	-0.8289	0.8747	-0.4985	-0.8188	0.83	-0.2978	0.6977	-0.0638	-0.0132	0.1884	0.0879	0.0336	0.1034	-0.0583	0.0999	16.6467	-2.0685	17.4104
2	2.5936	-0.0184	-0.1562	1.0312	-0.0836	3.3075	-0.6389	-0.1961	-0.7339	-1.6242	0.62	-1.5655	-0.1906	0.4894	-0.0085	-0.6687	0.2746	-0.3333	-0.0251	0.1765	0.0722	25.0414	3.1157	30.5318
3	2.1314	0.3708	-0.1745	1.6805	0.4469	1.544	-0.0055	-0.0466	0.1493	-0.0686	-0.0006	0.0771	-0.0431	-0.199	-0.0114	0.0874	-0.0028	0.0304	0.0138	0.0038	0.087	10.9233	6.3073	25.6139
4	5.5211	1.7233	-0.352	1.1394	0.0574	1.4506	-0.1017	0.0496	0.0001	-0.0302	0.0398	0.0299	0.088	-0.0277	0.0393	0.074	0.0162	-0.0068	0.0348	-0.0079	0.0306	7.3355	-2.5682	21.5962
5	1.2059	-0.7429	0.0889	0.7417	0.2556	0.2827	-0.1097	0.0699	1.0071	0.8349	0.218	1.278	-1.774	-0.9675	-0.0156	-0.5231	0.6278	0.2852	-0.0283	-0.2688	0.2961	-5.4642	3.1841	23.2038
6	1.2856	0.1766	0.1563	0.841	-0.6599	0.56	-0.02	0.0055	0.1357	-0.012	-0.1384	0.0209	-0.0781	-0.0876	-0.234	0.0804	0.0152	0.0414	0.0704	-0.0396	0.0486	10.126	4.2794	23.0105
7	4.4155	0.3336	-1.9381	6.1091	-2.3928	6.9454	-0.508	0.9454	-0.6064	-1.0889	0.4304	0.2395	0.7667	0.3848	-0.0958	0.1982	0.0715	-0.029	0.2504	-0.1218	0.1925	19.5687	14.0384	-9.8924
8	1.3975	-0.2827	-0.7981	0.7769	-0.2301	3.9965	-0.2881	-0.9512	-0.1834	-0.4468	-0.1214	-0.2797	1.0573	0.5857	-0.049	-0.0401	-0.0768	-0.122	0.2225	0.0391	0.2478	27.7861	19.3243	3.2718
9	3.5534	1.2147	2.6027	1.4746	0.9738	3.549	0.1622	0.2476	0.5124	-0.2924	-0.0352	-0.1411	-0.2424	0.1587	-0.0114	0.1293	0.0369	0.0248	0.1393	-0.002	0.1669	13.8537	24.8299	-3.7609
10	2.4203	-0.8983	-0.6113	1.2486	-0.8584	1.3387	-0.0463	0.7796	1.1559	-1.0091	-0.2441	0.1726	0.019	-0.6807	-0.086	0.448	0.0331	-0.0142	0.4876	0.0297	0.4418	7.6296	25.8532	-9.7864
11	4.2302	0.3041	-0.3523	1.7894	1.1271	2.1835	0.0444	-0.2689	0.0432	0.2822	-0.2041	0.1079	-0.036	-0.0199	0.0637	0.1505	-0.0147	-0.003	0.1147	-0.0214	0.0951	14.7221	19.7778	3.3103
12	5.1287	1.8863	0.4348	1.1548	0.6204	0.4539	0.1244	0.1124	-0.2901	-0.0448	-0.1347	-0.0363	0.0273	-0.072	0.018	0.1082	0.0256	-0.0076	0.1301	0.0064	0.1379	13.9404	15.4856	-5.1727
13	1.0112	2.355	0.6249	2.0234	-3.947	5.2946	-0.1193	0.2902	0.7583	1.1235	0.0987	0.728	-1.2808	-0.8629	-0.0035	0.3395	0.138	-0.0241	0.2178	-0.0395	0.1411	-2.3776	19.2731	-4.1939
14	2.25	0.3488	0.2563	1.615	0.1869	1.0845	0.0337	0.1227	0.1959	-0.0834	-0.1691	0.0688	-0.1581	-0.1857	-0.0488	0.1299	0.0271	0.0172	0.1543	-0.0372	0.0826	12.9621	20.4234	-4.4544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 108 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 10 through 21 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 22 through 31 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 44 through 66 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 67 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 87 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 92 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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