PDB-9w8i: Isomerase at 160K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w8i

タイトル

Isomerase at 160K

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / Immunnophilin

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guven, O. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isomerase at 160K
著者: Guven, O. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w8i.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w8i.ent.gz	77.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w8i_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w8i_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	9w8i_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	9w8i_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.270, 36.091, 54.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-241- HOH
2	1	B-236- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A 分子量: 11967.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62942
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Ammonium Sulfate, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 160 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17.67 Å / Num. obs: 13463 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 33.37
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 1317 / CC_1/2: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→17.67 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2797	1324	9.99 %
R_work	0.238	-	-
obs	0.2423	13255	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	167	1847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.69	2316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.126	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.08	0.3056	144	0.2539	1295	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.17	0.2802	145	0.248	1308	X-RAY DIFFRACTION	98
2.17-2.29	0.2747	147	0.2353	1319	X-RAY DIFFRACTION	98
2.29-2.43	0.2632	147	0.2441	1325	X-RAY DIFFRACTION	98
2.43-2.62	0.3143	147	0.2498	1318	X-RAY DIFFRACTION	98
2.62-2.88	0.3221	148	0.2759	1328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-3.3	0.3098	149	0.2489	1352	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-4.14	0.2727	151	0.2218	1345	X-RAY DIFFRACTION	99
4.15-17.67	0.2255	146	0.2076	1341	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3699	-0.1066	-1.3063	2.8225	3.7221	5.2741	-0.2821	-0.8491	-0.2783	0.9103	0.4421	0.0866	0.7702	0.2815	0.3763	0.1932	-0.0556	0.0914	0.1595	0.0286	0.1317	-19.3423	-22.169	9.9988
2	2.0533	0.3534	-0.5699	1.5876	0.0962	2.0367	0.1532	0.4442	-0.7525	-1.0548	-0.1346	0.5171	0.5143	-0.0465	0.1032	-0.2314	-0.1402	0.0318	0.1486	-0.0203	0.25	-27.6192	-16.9182	-3.0839
3	1.625	-0.4694	0.0758	1.365	-0.0195	1.6327	-0.0024	0.0883	0.0783	0.1116	-0.0419	-0.0778	-0.0725	0.0935	-0.0081	0.0948	-0.0217	0.0189	0.0523	-0.0003	0.0926	-13.5459	-13.8712	1.82
4	5.0093	-1.239	-0.4968	1.0878	-0.0833	1.4003	-0.0896	-0.2016	0.0498	-0.1381	0.0781	0.0536	0.1518	0.1368	0.0657	0.1135	-0.0208	0.0169	0.0795	0.0346	0.1016	-10.1049	-22.772	5.8506
5	1.4125	-0.3821	0.2729	0.8588	0.1208	1.0961	-0.0073	0.0589	0.0988	-0.006	-0.0454	-0.0977	-0.1314	0.1574	-0.0942	0.1206	-0.0261	0.0336	0.1154	0.0275	0.0666	-9.7989	-16.165	4.3902
6	4.2929	-2.095	-0.5197	2.9104	1.145	2.5667	-0.6448	-0.8732	-0.5891	0.7772	0.2847	-0.1962	0.5486	-0.0245	-0.024	0.3625	-0.0779	0.0138	0.3185	0.1672	0.3723	-22.3026	-6.3175	37.0695
7	2.285	0.303	-1.2651	0.4397	-0.9892	4.0282	-0.2679	0.6012	-0.7399	-0.3888	-0.3094	0.7346	0.5043	-0.3935	-0.0232	0.1142	-0.0191	-0.0573	0.2925	-0.0584	0.3846	-30.429	-1.0134	23.9532
8	1.7993	-0.6515	0.9664	0.8357	-0.3022	1.5452	-0.0297	-0.1437	0.4875	0.0469	-0.202	0.156	-0.2129	-0.0169	-0.0279	0.1864	-0.0263	0.0291	0.1084	-0.0304	0.1919	-16.4695	4.361	30.9319
9	0.9489	-0.2117	0.0069	1.0101	-0.061	1.0484	-0.4106	-0.23	0.1427	0.7118	0.321	-0.105	0.2104	0.6775	-0.003	0.4382	0.0154	-0.0359	0.4607	-0.0157	0.4254	-10.2281	5.2959	36.9791
10	4.1784	-0.9225	-0.4476	1.1159	-0.3237	3.3135	-0.1455	-0.2166	0.8213	-0.4104	-0.0148	-0.2437	-0.7131	-0.0391	0.0286	0.2004	0.0069	-0.0109	0.1429	0.045	0.2682	-16.7475	7.8971	23.9188
11	4.9908	-0.0676	-1.4122	0.7112	0.0252	2.2106	-0.3546	0.8278	-0.8573	-0.3289	-0.0721	-0.0106	0.3104	-0.3059	-0.0497	0.2406	-0.0242	-0.0105	0.1443	0.0235	0.1561	-17.7079	-4.9453	23.8688
12	4.1115	-1.4011	0.4133	1.347	-0.9011	0.6312	-0.1819	-0.3858	-0.4385	0.1521	0.1679	0.1777	0.0959	0.0474	0.0208	0.1943	-0.0222	0.023	0.1592	-0.0306	0.1552	-16.708	-4.956	32.3402
13	2.0279	1.598	1.0862	1.9036	1.1806	1.1846	0.0808	0.3648	0.0548	-0.8588	-0.0514	-0.9829	-0.8365	0.8796	0.0405	0.304	0.0492	0.0564	0.3898	-0.0321	0.3627	-0.2752	-1.3475	31.4757
14	1.7417	1.2655	-0.7051	1.8571	-0.3538	1.7689	-0.4053	-0.2346	-0.257	0.2438	-0.0806	0.0238	0.4305	0.3282	0.0648	0.239	0.0598	0.0284	0.2893	0.0387	0.1829	-4.161	-8.0663	35.8455
15	3.3008	-1.0616	1.8679	2.8721	-0.7328	1.7571	-0.0802	-0.1648	0.4318	0.1644	-0.0784	0.2413	-0.2836	0.2127	-0.0776	0.1671	0.0123	0.0248	0.1638	0.0236	0.1582	-21.1031	3.6881	29.6279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 10 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 44 through 50 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 51 through 66 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 67 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 87 through 91 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 92 through 97 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 98 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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