PDB-9w8h: Isomerase Structure at 140K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w8h

タイトル

Isomerase Structure at 140K

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / Immunophilin

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guven, O. / DeMirci, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isomerase Structure at 140K
著者: Guven, O. / DeMirci, H.

履歴

登録	2025年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w8h.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w8h.ent.gz	77.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9w8h_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9w8h_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	9w8h_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	9w8h_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/9w8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

登録者が定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.240, 36.072, 54.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-242- HOH
2	1	B-238- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A 分子量: 11967.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P62942
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, Ammonium Sulfate, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 140 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17.58 Å / Num. obs: 13369 / % possible obs: 97.12 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 31.67
反射シェル	解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 1282 / CC_1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
CrysalisPro	1.171.42.35a	データ削減
CrysalisPro	1.171.42.35a	データスケーリング
PHENIX	1.20.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→17.58 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 32.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1314	10 %
R_work	0.2345	-	-
obs	0.2386	13143	97.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→17.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	0	173	1853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.688	2316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.833	652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.08	0.276	140	0.2414	1261	X-RAY DIFFRACTION	96
2.08-2.17	0.3014	145	0.2409	1301	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.29	0.3064	144	0.2338	1304	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.43	0.2827	147	0.2353	1317	X-RAY DIFFRACTION	97
2.43-2.62	0.3076	145	0.2593	1303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.62-2.88	0.3298	146	0.2674	1321	X-RAY DIFFRACTION	98
2.88-3.3	0.2651	150	0.2507	1340	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-4.14	0.2479	149	0.2191	1338	X-RAY DIFFRACTION	98
4.15-17.58	0.236	148	0.2022	1344	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5331	1.9445	-1.8446	4.7159	-2.2305	3.6877	-0.7337	1.0718	-0.3053	-0.9361	0.7828	-0.6374	0.6192	-0.5205	0.0559	0.1902	0.0308	0.019	0.1726	-0.0686	0.1677	16.4875	-7.2434	17.193
2	2.6411	-0.7164	-0.4913	0.7569	0.0114	2.8035	-0.2068	-0.2427	-0.8747	0.6999	-0.0678	-0.63	0.5506	-0.1956	0.0965	-0.0292	0.0475	0.0034	0.1645	0.0136	0.2622	24.7399	-1.9773	30.2326
3	2.4799	0.9338	1.1457	3.0332	-0.0673	3.3142	-0.0789	-0.0349	0.2373	-0.047	-0.0805	0.005	-0.1427	-0.1101	0.0345	0.0638	0.0505	0.0241	0.0917	-0.0072	0.107	8.4097	3.1186	25
4	3.0898	-0.1414	-0.952	0.875	0.0968	1.9774	-0.6713	-0.7224	-0.7187	-0.1769	0.0341	0.1436	0.2428	0.203	-0.0706	0.0786	0.0436	0.0473	0.0824	0.0028	0.1785	13.9119	-7.0484	27.5156
5	4.632	1.2276	0.7977	1.1152	0.3736	1.1084	-0.0523	0.1071	0.0322	0.0681	-0.0466	0.0564	0.0385	-0.0729	0.058	0.1011	0.0226	0.0065	0.0652	-0.0234	0.0732	10.9197	-5.8655	21.9885
6	2.3035	-0.3889	1.4575	4.6521	-0.7476	0.9674	-0.0217	-0.3455	-0.1307	1.7596	0.1762	0.9636	-1.2318	-0.8675	0.5503	0.1829	0.0971	0.0684	0.2295	0.0012	0.2903	-5.5332	-2.2525	23.0169
7	1.8731	0.2586	-0.1147	1.1576	-0.3572	1.0817	-0.0365	0.0982	0.2171	-0.1458	-0.1019	0.1704	-0.082	-0.0864	-0.1739	0.0772	0.0416	0.0134	0.0982	-0.0436	0.0874	9.9086	-0.9917	22.7356
8	6.2798	3.4082	-1.5544	5.7809	-2.2046	4.1422	-0.8336	1.2361	-0.3207	-1.4224	0.6325	0.5302	0.9343	0.2405	0.0679	0.3499	0.0991	-0.0022	0.2399	-0.1392	0.3378	19.4431	8.5995	-9.8377
9	2.5955	-0.7517	-0.87	0.5064	0.4822	4.0167	-0.5835	-0.5768	-0.9588	-0.0928	-0.3447	-0.8793	0.5978	0.3142	-0.1518	0.1108	0.0164	-0.0476	0.3317	0.0714	0.3286	27.5498	13.9125	3.2705
10	1.852	0.4821	0.9142	0.83	0.4064	1.8429	0.0651	0.0591	0.3071	-0.1767	-0.0691	-0.103	-0.112	0.0014	0.0034	0.188	0.009	0.0193	0.1436	0.0334	0.2748	13.5783	19.2866	-3.6927
11	2.532	-0.4475	0.261	0.7593	-0.2864	0.6996	-0.6966	0.3544	0.6757	-1.1297	0.5165	0.4782	0.0835	-0.446	-0.0201	0.5077	-0.0899	-0.039	0.4248	0.0678	0.3372	7.3504	20.2134	-9.715
12	5.7413	0.8544	-0.1091	1.688	0.9832	3.2712	-0.1023	-0.2804	0.0442	0.4347	-0.0718	0.1214	0.0328	0.0385	0.0979	0.1969	0.0014	-0.0074	0.1176	-0.0248	0.1078	14.5017	14.2666	3.3321
13	5.0534	1.7933	0.589	1.1693	0.8256	0.4107	-0.093	0.4169	-0.2083	-0.104	0.1792	-0.1033	0.1025	-0.0168	0.0331	0.1795	0.0203	0.0078	0.1621	0.0244	0.1452	13.827	9.9507	-5.1202
14	2.0611	-2.8344	0.2414	4.5563	-0.0581	0.1111	0.0966	0.137	0.5059	1.2513	0.3103	1.2885	-0.7213	-0.9259	-0.0334	0.2673	0.0385	0.067	0.3347	0.0534	0.3722	-2.5892	13.582	-4.2356
15	3.2118	1.1373	0.1087	2.0184	-0.1851	1.2152	-0.2157	0.3616	0.1979	-0.2551	0.1483	0.016	-0.1737	-0.0588	0.0374	0.1621	0.0248	0.0186	0.1686	-0.0244	0.118	12.7862	14.831	-4.4012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 57 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 58 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 91 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 92 through 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 10 through 21 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 22 through 31 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 32 through 43 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 44 through 66 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 67 through 86 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 87 through 91 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 92 through 108 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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