[日本語] English
万見
- PDB-9w2w: Cryo-EM structure of two abaucin-bound LolDF in Acinetobacter bau... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w2w
タイトルCryo-EM structure of two abaucin-bound LolDF in Acinetobacter baumannii
要素
  • LolD
  • LolF
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Acinetobacter baumannii / LolFD / Nanodisc / Inhibitor
機能・相同性Chem-R6Q
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, S. / Li, Y. / Liao, M.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2024YFA0919900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32322004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171205 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U22A20338 中国
Other government2023ZT10Y013
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structure and druggable conformation of the homodimeric lipoprotein transporter of Acinetobacter baumannii.
著者: Song Zhang / Zhuyun Tang / Weiwei Shi / Jiaqi Su / Chao Che / Qi Xing / Maofu Liao / Yanyan Li /
要旨: The growing crisis of antimicrobial resistance demands urgent need for antibiotics with alternative targets and modes of action (MOAs). Lipoproteins play crucial roles in bacterial survival and ...The growing crisis of antimicrobial resistance demands urgent need for antibiotics with alternative targets and modes of action (MOAs). Lipoproteins play crucial roles in bacterial survival and immunoregulation. The lipoprotein transporter, known as LolCDE or LolDF, has recently emerged as an effective target for selectively killing pathogenic bacteria such as Acinetobacter baumannii while sparing gut microbiota. While the heterodimeric LolCDE in Escherichia coli has been extensively studied, the druggable pocket and structural dynamics of the distinct homodimeric LolDF that exists in many critical pathogens are poorly understood. Such a knowledge gap limits our ability to exploit the Lol system to develop drugs with desired spectra of antibacterial activity. Here we determine the cryo-EM structures of homodimeric LolDF of A. baumannii in nucleotide-free apo-closed, vanadate-trapped fully closed, and inhibitor-bound open conformations, revealing the distinct structural features and conformational cycle of LolDF. Further cryo-EM, biochemical and functional analyses uncover the MOA of abaucin, a recently identified LolDF-targeting compound, demonstrating how multiple abaucin molecules open LolDF in a stepwise manner to establish an induced-fit pocket. Together, our results advance the understanding of LolDF function and inhibition, and provide the cryptic druggable conformation and specific inhibitor-bound pocket for structure-based drug discovery to target the dynamic lipoprotein transporter in A. baumannii.
履歴
登録2025年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 2.02026年7月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LolF
D: LolD
B: LolF
C: LolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,6536
ポリマ－137,8724
非ポリマー7812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 LolF


分子量: 44266.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC17978
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質 LolD


分子量: 24669.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: ATCC17978
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-R6Q / 1'-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]spiro[1~{H}-3,1-benzoxazine-4,4'-piperidine]-2-one


分子量: 390.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21F3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 2ABA-bound AbLolFD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
12RELION３次元再構成
13PHENIX1.21.2-5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67055 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028232
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.39411286
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0581321
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391390
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031475

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る