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- PDB-9w2k: Structural basis of substrate promiscuity in the archaeal RNA-spl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w2k
タイトルStructural basis of substrate promiscuity in the archaeal RNA-splicing endonuclease from Candidatus Micrarchaeum acidiphilum (ARMAN-2)
要素
  • DNA/RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*A)-D(P*U)-R(P*AP*GP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*GP*GP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*A)-3')
  • tRNA intron endonuclease
キーワードSPLICING/RNA / Archaea / tRNA / Intron / Novel catalytic reaction / SPLICING / SPLICING-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron lyase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PHOSPHATE-2',3'-CYCLIC PHOSPHATE / ACETIC ACID / RNA / RNA (> 10) / tRNA intron endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2 (古細菌)
Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Hirata, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K09352 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of substrate diversity and functional evolution of archaeal RNA-splicing endonucleases.
著者: Miyata, Y. / Yamagami, R. / Kawamura, T. / Hori, H. / Hirata, A.
履歴
登録2025年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA intron endonuclease
B: tRNA intron endonuclease
I: DNA/RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*A)-D(P*U)-R(P*AP*GP*CP*U)-3')
F: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*A)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,34610
ポリマ－99,6965
非ポリマー6495
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.514, 65.648, 71.802
Angle α, β, γ (deg.)114.462, 111.890, 90.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA intron endonuclease


分子量: 45882.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2 (古細菌)
遺伝子: UNLARM2_0797 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: C7DIA5

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 IFH

#2: RNA鎖 DNA/RNA (5'-R(P*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*A)-D(P*U)-R(P*AP*GP*CP*U)-3')


分子量: 4084.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*A)-3')


分子量: 2565.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*GP*U)-3')


分子量: 1280.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

-
非ポリマー , 3種, 354分子

#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-A23 / ADENOSINE-5'-PHOSPHATE-2',3'-CYCLIC PHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 409.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate tri-hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 73010 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 26.33
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Num. unique obs: 7189

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.798→33.529 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.97 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 3707 5.077 %
Rwork0.1853 69302 -
all0.188 --
obs-73009 96.79 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.002 Å2-0.001 Å20.001 Å2
2---0.011 Å20.002 Å2
3---0.003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→33.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 531 41 349 7209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0127057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.6619623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5191.56614685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1465768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.1531054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.852101198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.15810301
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.21276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1940.25896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.23340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.23551
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0330.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.270.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2010.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3532.2313082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3412.2293078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4333.3343844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4343.3343845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0493.0013975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0483.0013976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6394.3845779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6394.3845780
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.73237.2688113
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.72236.7128076
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.798-1.8450.2832410.2548390.25255410.9470.95991.68020.217
1.845-1.8950.2812550.21949650.22254390.9520.9795.97350.189
1.895-1.950.2572770.20447860.20752330.9550.97396.75140.173
1.95-2.010.2332490.19447040.19651320.9650.97796.51210.166
2.01-2.0750.2432620.19445650.19749860.9620.97696.81110.171
2.075-2.1480.2331980.17644530.17847930.9670.98197.03730.157
2.148-2.2290.2352300.17643310.17946920.9660.98197.2080.16
2.229-2.3190.2322290.17541210.17844690.9680.98197.33720.16
2.319-2.4220.2131910.17639540.17842660.9730.98197.16360.162
2.422-2.5390.2181900.1737740.17340760.970.98297.25220.159
2.539-2.6760.2361830.17536510.17839140.9640.98197.95610.167
2.676-2.8370.2131740.18234240.18336800.970.98197.77170.177
2.837-3.0310.2231720.17531840.17834520.9710.98197.2190.177
3.031-3.2720.2311700.17729970.1832460.9660.9897.56620.184
3.272-3.5810.2491750.18827050.19229520.9640.97897.5610.199
3.581-3.9980.21400.17224840.17326790.9790.98397.9470.19
3.998-4.6050.2021160.16722120.16923710.9770.98498.18640.193
4.605-5.6140.221200.18618740.18820130.9740.9899.05610.22
5.614-7.830.257950.22914660.23115700.9640.9799.42680.267
7.83-33.5290.284400.2178130.229050.9640.97194.25410.268

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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