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- PDB-9w2c: Crystal structure of Aedes aegypti Dopachrome Conversion Enzyme w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w2c
タイトルCrystal structure of Aedes aegypti Dopachrome Conversion Enzyme with L-Dopamine.
要素Dopachrome conversion enzyme
キーワードISOMERASE / isomerase Dopachrome Aedes aegypti L-Dopamine
機能・相同性Major royal jelly protein/protein yellow / Major royal jelly protein / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / extracellular region / ACETIC ACID / L-DOPAMINE / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Dopachrome conversion enzyme
機能・相同性情報
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.39 Å
データ登録者Guo, Y. / Zhang, L. / Guo, D. / Li, J. / Deng, J. / Han, Q.
資金援助 中国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U22A20363 中国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI044399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aedes aegypti Dopachrome Conversion Enzyme.
著者: Guo, Y. / Wang, S. / Zhang, L. / Guo, D. / Li, J. / Deng, J. / Han, Q.
履歴
登録2025年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dopachrome conversion enzyme
B: Dopachrome conversion enzyme
C: Dopachrome conversion enzyme
D: Dopachrome conversion enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,03328
ポリマ－211,7234
非ポリマー5,31024
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area59610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.308, 103.874, 99.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dopachrome conversion enzyme


分子量: 52930.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isomerase/tautomerase / 由来: (天然) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) / 株: Liverpool / 参照: UniProt: Q8T4S2

-
糖 , 8種, 8分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-L-arabinopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-L-arabinopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 985.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[LArapb1-6]DManpa1-4DManpb1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a211h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3-2-4-5/a3-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-L-Arap]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-4DGlcpNAcb1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2/a3-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-L-Fucp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 44分子

#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#10: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H4O2
#11: 化合物
ChemComp-LDP / L-DOPAMINE / DOPAMINE


分子量: 153.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 0.2 M Calcium acetate hydrate, and 20% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日
放射モノクロメーター: crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→30 Å / Num. obs: 23333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3.39→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.372 / Num. unique obs: 2314

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.39→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.735 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27375 1196 5.1 %RANDOM
Rwork0.19431 ---
obs0.19838 22042 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.39→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12892 0 343 28 13263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01213667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01612480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8631.80518652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7351.7528768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.98751580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.456585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.643102103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2970.22074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.023255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7096.5336349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.686.5356334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.58311.7357908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.58311.7367909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.937.0587318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9297.0587319
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.06112.82210745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.90865.2514562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.9165.2514563
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.392→3.479 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 87 -
Rwork0.345 1511 -
obs--93.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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