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万見
- PDB-9w1c: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila with inhibite... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w1c
タイトルLH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila with inhibited carotenoid biosynthesis
要素
  • Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
  • Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesing / purple sulfur bacteria / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BACTERIOCHLOROPHYLL A / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Burtseva, A.D. / Baymukhametov, T.N. / Popov, V.O. / Ashikhmin, A.A. / Boyko, K.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation23-74-00062 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila with inhibited carotenoid biosynthesis
著者: Burtseva, A.D. / Baymukhametov, T.N. / Popov, V.O. / Ashikhmin, A.A. / Boyko, K.M.
履歴
登録2025年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
C: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
D: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
E: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
G: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
H: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
J: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
K: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
M: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
N: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
P: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
Q: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
S: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
T: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
V: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
W: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,82948
ポリマ－106,59316
非ポリマー26,23632
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta


分子量: 5468.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W8KQR0
#2: タンパク質
Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein


分子量: 7855.903 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W8KE12
#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-A1MBA / Phytoene / (6~{E},10~{E},14~{Z},16~{Z},18~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,16,18,22,26,30-nonaene


分子量: 544.936 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H64 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12334
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV
球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany).
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.9粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1589688
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 1.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 445556 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0088808
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.45312336
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.551616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0851216
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0131576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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