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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9vy6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of MIF binding with Holmium ions | ||||||
Components | Propeptide, PepSY amd peptidase M4 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Rare earth / Metalloprotein | ||||||
| Function / homology | PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / HOLMIUM ATOM / Propeptide, PepSY amd peptidase M4 Function and homology information | ||||||
| Biological species | Methylobacillus flagellatus KT (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.05 Å | ||||||
Authors | Du, Y.X. / Li, Z.Q. / Liu, L. | ||||||
| Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Adjacent Rare Earth Separation by a protein atomic ruler Authors: Du, Y.X. / Li, Z.Q. / Liu, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9vy6.cif.gz | 414.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9vy6.ent.gz | 304.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9vy6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/9vy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/9vy6 | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9vy3C ![]() 9vy4C ![]() 9vy5C ![]() 9vy7C ![]() 9vy8C ![]() 9vy9C ![]() 9vyaC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16993.787 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methylobacillus flagellatus KT (bacteria)Gene: Mfla_0908, Mfla_1052 / Plasmid: pET25b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-HO / #3: Chemical | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.13 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.979176 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 28, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979176 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.97→90.91 Å / Num. obs: 16753 / % possible obs: 91.2 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.919 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 5.6 |
| Reflection shell | Resolution: 2.97→3.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 838 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.691 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.05→80.97 Å / SU ML: 0.395 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.1567 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 105.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→80.97 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Methylobacillus flagellatus KT (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
China, 1items
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