PDB-9vxs: Crystal structure of Antifungal agent Tavaborole in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vxs

タイトル

Crystal structure of Antifungal agent Tavaborole in complex with SME-1 class A carbapenemase

要素

Beta-lactamase SME-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Tavaborole / inhibitor / carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Antifungal agent Tavaborole in complex with SME-1 class A carbapenemase
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2025年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vxs.cif.gz	120.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vxs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vxs_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vxs_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9vxs_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	9vxs_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/9vxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/9vxs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Beta-lactamase SME-1

A: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.235, 51.153, 78.318
Angle α, β, γ (deg.)	90, 114.896, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase SME-1 分子量: 29386.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) 遺伝子: SME-1, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, bpl-1, bplA, sme-2, smeA 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52682, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-A1II0 / 3-fluoranyl-7-oxidanyl-8-oxa-7$l^{4}-borabicyclo[4.3.0]nona-1(9),2,4,6-tetraene 分子量: 150.923 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅BFO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, PEG 4000 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.502 Å / Num. obs: 18229 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 2060 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→29.502 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / SU B: 11.207 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.093 / ESU R Free: 0.339

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	917	5.035 %
R_work	0.188	17295	-
all	0.192	-	-
obs	-	18212	99.781 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.508 Å²	-0 Å²	-0.8 Å²
2-	-	-1.092 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.637 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4124	0	33	111	4268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.025	1.817	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.571	5	532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.032	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.066	10	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.466	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.541	1.727	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.528	3.096	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.696	1.965	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.389	3.482	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.103	18.501	6490

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.564	0.287	67	0.236	1269	0.239	1337	0.944	0.966	99.9252	0.213
2.564-2.634	0.346	65	0.227	1209	0.233	1274	0.927	0.969	100	0.2
2.634-2.71	0.375	76	0.205	1196	0.215	1272	0.946	0.975	100	0.181
2.71-2.793	0.29	64	0.205	1162	0.209	1226	0.95	0.974	100	0.174
2.793-2.883	0.314	50	0.212	1135	0.217	1185	0.945	0.973	100	0.18
2.883-2.984	0.33	75	0.226	1070	0.233	1145	0.932	0.967	100	0.197
2.984-3.095	0.324	61	0.229	1057	0.234	1118	0.929	0.963	100	0.202
3.095-3.22	0.304	51	0.209	1018	0.214	1069	0.942	0.972	100	0.183
3.22-3.361	0.287	55	0.198	967	0.203	1022	0.954	0.979	100	0.181
3.361-3.523	0.254	50	0.204	934	0.207	984	0.956	0.979	100	0.187
3.523-3.711	0.211	40	0.188	912	0.188	952	0.977	0.986	100	0.174
3.711-3.932	0.248	48	0.172	836	0.176	886	0.965	0.986	99.7743	0.153
3.932-4.198	0.239	37	0.153	800	0.156	837	0.956	0.987	100	0.132
4.198-4.527	0.25	46	0.156	734	0.161	780	0.966	0.986	100	0.141
4.527-4.947	0.189	25	0.142	699	0.144	727	0.982	0.989	99.5873	0.123
4.947-5.512	0.257	30	0.157	636	0.161	666	0.963	0.986	100	0.132
5.512-6.328	0.156	22	0.165	569	0.165	591	0.988	0.986	100	0.143
6.328-7.662	0.162	18	0.16	479	0.16	497	0.983	0.989	100	0.141
7.662-10.488	0.18	32	0.129	378	0.133	410	0.986	0.993	100	0.117
10.488-29.502	0.252	5	0.185	235	0.186	260	0.997	0.983	92.3077	0.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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