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- PDB-9vx2: Crystal structure of the apo form of HisMab-1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vx2
タイトルCrystal structure of the apo form of HisMab-1 Fab
要素
  • HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region
  • HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HisMab-1 / His-tag
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Hoshi, S. / Arimori, T. / Harada-Hikita, A.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H02416 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25K02215 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24am0521010 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101083 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Functional and Structural Characterization of a Novel Anti-His-tag Antibody, HisMab-1.
著者: Hitomi, N. / Hoshi, S. / Kaneko, M.K. / Kato, R. / Iwasaki, K. / Takagi, J. / Kato, Y. / Harada-Hikita, A. / Arimori, T.
履歴
登録2025年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region
B: HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region
C: HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region
D: HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,97910
ポリマ－96,4034
非ポリマー5766
水1,20767
1
A: HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region
B: HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5866
ポリマ－48,2012
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
2
C: HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region
D: HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3944
ポリマ－48,2012
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.719, 191.099, 177.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

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要素

#1: 抗体 HisMab-1 immunoglobulin heavy chain variable region


分子量: 24081.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Monoclonal antibody / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCAG-Neo / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): ExpiCHO-S
#2: 抗体 HisMab-1 immunoglobulin light chain variable region


分子量: 24119.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Monoclonal antibody / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO-S
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): ExpiCHO-S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 0.1M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.052 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月11日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→48.2 Å / Num. obs: 49897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.39→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.145 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4539 / CC1/2: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→48.2 Å / SU ML: 0.4008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.1589
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 2547 5.11 %
Rwork0.2315 47309 -
obs0.2344 49856 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6607 0 30 67 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00876784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01889236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05311045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.04192414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.440.45731580.39172554X-RAY DIFFRACTION99.23
2.44-2.490.45941490.38122571X-RAY DIFFRACTION99.42
2.49-2.540.4351270.35212596X-RAY DIFFRACTION99.27
2.54-2.60.40661370.32652585X-RAY DIFFRACTION99.56
2.6-2.660.36991370.28732614X-RAY DIFFRACTION99.64
2.66-2.740.34451260.2782629X-RAY DIFFRACTION99.67
2.74-2.820.37861260.28352612X-RAY DIFFRACTION99.74
2.82-2.910.34461200.29072628X-RAY DIFFRACTION99.75
2.91-3.010.3351390.2942620X-RAY DIFFRACTION99.67
3.01-3.130.35451440.30822586X-RAY DIFFRACTION99.82
3.13-3.270.34131360.26962621X-RAY DIFFRACTION99.93
3.27-3.450.34391590.25832623X-RAY DIFFRACTION99.86
3.45-3.660.31210.23232675X-RAY DIFFRACTION99.82
3.66-3.950.27421610.22322607X-RAY DIFFRACTION99.93
3.95-4.340.22151570.18732636X-RAY DIFFRACTION99.96
4.34-4.970.21841380.16882666X-RAY DIFFRACTION100
4.97-6.260.23611600.18082680X-RAY DIFFRACTION100
6.26-48.20.24451520.18872806X-RAY DIFFRACTION99.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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